تجزیه و تحلیل مدل سازی همگرا از برهم کنش زیر مجموعه های α و β توکسین شیگا با پروتئین های اینترفرون گاما، پروستاگلاندین سنتتاز ۲ و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر به عنوان گامی در مهار سرطان

زمینه و هدف: با پیشرفت فناوری بیوانفورماتیک، اکنون می توان با سرعت بیشتری بر روی روش های نوین درمان سرطان مانند استفاده از توکسین های باکتریایی تحقیق کرد. در این مطالعه بیوانفورماتیکی، امکان اتصال زیرواحدهای توکسین شیگا (StxA و StxB) به پروتئین های اینترفرون گاما (IFNG)، پروستاگلاندین سنتتاز ۲ (PTGS۲) و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر (SGLT۱) بررسی شد تا بتوان گامی در جهت مهار سرطان برداشت.روش بررسی: توالی های ژنی از پایگاه NCBI استخراج شد. برای توالی یابی و مدل سازی ساختار سه بعدی پروتئین ها به ترتیب از پایگاه های اطلاعاتی SWISS-MODE و jmol استفاده شد. اثر StxA و StxB بر پروتئین های IFNG، PTGS۲ و SGLT۱ با پایگاه ZDOCK با روش پهلوگیری مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته ها: ساختار سه بعدی پروتئین ها نشان داد که پروتئین StxA مونومر نمی باشد و StxB دارای ساختارهای صفحه ای است که موجب اتصال آن به سطح سلول می-شوند. مارپیچ های آلفا و صفحات بتا در IFNG وجود دارد و این پروتئین مونومری فاقد ساختار سوم متقارن است. PTGS۲ دارای ساختار کمپلکس و بزرگ متشکل از چندین مارپیچ آلفا و صفحه بتا است. در SGLT۱ که پروتئینی غشاء گذر است، تنها مارپیچ های آلفا وجود داشت. میان کنش قابل توجهی بین پروتئین شیگا توکسین با هر سه پروتئین IFNG، PTGS۲ و SGLT۱ وجود دارد.نتیجه گیری: یافته های این تحقیق افق جدیدی جهت مطالعات آزمایشگاهی اثر شیگا توکسین جهت بررسی توانایی تحریک سیستم ایمنی، کاهش رشد تومور و درمان سرطان با توجه به امکان اتصال آن به پروتئین های موثر در این روندها ارائه می دهد.

Keywords:

سرطان , شیگا توکسین , اینترفرون گاما , پروستاگلاندین سنتتاز ۲ , سدیم/گلوکز کوترانسپورتر