جداسازی ژن های کاندید در میانکنش میزبان- گل جالیز (Phelipanche aegyptiaca) با استفاده از روش پیمایش ژنوم
عنوان مقاله: جداسازی ژن های کاندید در میانکنش میزبان- گل جالیز (Phelipanche aegyptiaca) با استفاده از روش پیمایش ژنوم
شناسه ملی مقاله: JR_JPP-36-2_009
منتشر شده در در سال 1401
شناسه ملی مقاله: JR_JPP-36-2_009
منتشر شده در در سال 1401
مشخصات نویسندگان مقاله:
محمدرضا رضائی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد، ایران
امین میرشمسی کاخکی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد، ایران
علیرضا سیفی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی ، مشهد، ایران
خلاصه مقاله:
محمدرضا رضائی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد، ایران
امین میرشمسی کاخکی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد، ایران
علیرضا سیفی - گروه بیوتکنولوژی و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی ، مشهد، ایران
گیاه گلجالیز مصری (P. aegyptiaca) یکی از مهمترین گونه های انگلی می باشد که خسارت پنهان آن به انواع گیاهان زراعی از طریق جذب آب و مواد غذایی از ریشه گیاه میزبان، بسیار قابل توجه است. مرحله اتصال مکینه انگل به میزبان، مهمترین مرحله برای مطالعه مولکولی میانکنش انگل-میزبان است. با گسترش روشهای توالییابی NGS و مطالعات ترنسکریپتوم، اطلاعات مهمی از مراحل رشدی و میانکنش گیاهان انگلی با میزبان در دسترس قرار گرفته است. برای روشن شدن راهبردهای مولکولی کلیدی این فرایند، داده های RNA-Seq موجود در پایگاه داده پروژه ژنوم گیاهان انگلی (http://ppgp.huck.psu.edu) آنالیز شد. آنالیز دادههای ترنسکریپتوم مربوط به مرحله اتصال به میزبان به عنوان مرحله مهم در فرایند انگلی شدن، منجر به شناسایی رونوشتهایی با افزایش بیان در این مرحله گردیده است. از بین رونوشت های شناسایی شده احتمالی با کارکرد نامشخص، چهار رونوشت که بیشترین سطح بیان را در مرحله اتصال به میزبان داشتند در این مطالعه بطور دقیقتری بررسی شدند. برای تشخیص نقش احتمالی این رونوشت ها در فرایند انگلی شدن گل جالیز، جهت دستیابی به توالی کاملتر از روش پیمایش ژنوم استفاده شد. ۵۸۷ جفت باز به توالی رونوشت Oa۴۲۴ و ۱۶۵ جفت باز به توالی رونوشت Oa۱۶۳۵ اضافه گردید. بررسیها نشان داد توالی کامل رونوشت Oa۴۲۴ و بخشی از توالی Oa۱۶۳۵ به روش پیمایش ژنوم جداسازی شده است. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی های کامل Oa۴۲۴ و Oa۱۶۳۵، تشابه با پروتیئنهای با فعالیت ترانسپوزاز را نشان دادند. با توجه به نقش تنظیمی پروتئین های دارای دامین ترانسپوزاز به نظر می رسد احتمالا این دو رونوشت نقش تنظیمی در فرایند انگلی شدن دارند. همچنین با توجه به وجود سیگنال پپتید در این توالیها، احتمالا این دو رونوشت پروتئینهای ترشحی را کد میکنند که در میانکنش انگل-میزبان از اندام مکنده ترشح میشوند.
کلمات کلیدی: پیمایش ژنوم, ترنسکریپتوم, گیاه انگل
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1529680/