بررسی روش دینامیک مولکولی شتاب یافته تصادفی در مورد مطالعاتی ویروس کووید ۱۹ با لیگاند گیاهی شیرین بیان

در زندگی بشری همیشه داروها نقش بسیار مهمی در مقابله با بیماریها از جمله بیماری های ویروسی داشتند بنابراین در عصر حاضر بررسی داروها از طریق شبیه سازی های رایانه ای روشی جهت ارزیابی داروها، قبل یا در حین آزمایشات خواهد بود. اما حجم محاسبات در اینگونه شبیه سازی ها بالا بود و نمونه های مطالعاتی از طریق روشهای شبیهسازی دینامیک مولکولی مرسوم قابل بررسی نبودند و محدودیت های زمانی و سخت افزاری در روند بررسی نمونه ها بوجود می آمدند. از این جهت روش دینامیک مولکولی شتاب یافته تصادفی با هدف بررسی سریع و دقیق تر نمونه های دارو-هدف در سال ۲۰۱۸ معرفی گردید. در این مطالعه نیز با استفاده از روش اتصال مولکولی۱، پروتئاز اصلی ویروس کشنده کووید-۱۹ با داروی گیاهی گلابریدین که در گیاه شیرین بیان یافت میشود با استفاده از روش دینامیک مولکولی شتاب یافته تصادفی بررسی گردید. مشاهده شد که در این روش لیگاند با استفاده از نیرویی با جهت گیری تصادفی به عنوان عامل شتاب برای تفکیک از جایگاه اتصال خود در گیرنده، تمامی جهت های ممکن را جستجو میکند که موجب نمونهبرداری گسترده از مسیرهای متفاوت میشود. همچنین بیان شد که زمان اقامت که بیانگر مدت زمانی است که لیگاند در اشغال هدف گیرنده خود قرار دارد، به عنوان معیاری دقیق از تاثیر گذاری دارویی میباشد. و در آخر رویت شد که حرکت سریع لیگاند پس از تفکیک از مکان اتصال خود، تاثیر بسزایی در مقدار محاسباتی زمان اقامت ندارد.

Keywords:

دینامیک مولکولی شتاب یافته تصادفی , زمان اقامت , RAMD , ویروس کووید-۱۹