داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری

Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 175

This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_VTJ-35-4_014

تاریخ نمایه سازی: 7 دی 1401

Abstract:

استفاده بیش ازحد از آنتی بیوتیک ها برای درمان بیماری هایی مانند ورم پستان گاوهای شیری ناشی از اشرشیاکلای، منجر به ظهور باکتری های مقاوم شده است که تهدیدی برای سلامت عمومی قلمداد می شود. امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی نظیر باکتریوسین ها به عنوان عوامل بالقوه ضدمیکروبی توجه بیشتری به خود جلب کرده اند؛ بنابراین بررسی پایداری و فعالیت ضدباکتریایی آن ها در شرایط بدن حیوان بسیار حائز اهمیت می باشد. لذا، باهدف بررسی پایداری حرارتی پپتید انتروسین P ن (P (EntP، ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پیش بینی شد. سپس، پایداری این ساختار در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور شبیه سازی با کمک نرم افزار GROMACS در مدت زمان ns ۴۰۰ برای دمای طبیعی بدن گاوشیری (K°۳۱۲) صورت گرفت. درنهایت منحنی RMSD مربوط به این پپتید در مقایسه با زمان، در طول خط سیر شبیه سازی رسم گردید. به منظور بررسی برهم کنش پپتید با پروتئین لیپوپلی ساکارید سطحی D (LptD از باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان از سرور آنلاین ClusPro استفاده شد. در بخش آزمایشگاهی نیز حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) براساس روش میکروبراث بر روی اشریشیاکلای برآورد گردید. براساس نتایج گزارش شده توسط سرور I-TASSER، بهترین ساختار پیش بینی شده ی پپتید EntP با ضریب اطمینان (C-score) برابر با ۴/۱ انتخاب شد. مقادیر گزارش شده توسط پلات های ERRAT و Verify۳D نشان داد که ساختار سوم پیش بینی شده برای پپتید EntP رضایت بخش است. گراف RMSD مربوط به بررسی پایداری حرارتی EntP در دمای بدن گاو نشان داد که ساختار پپتید EntP پس از مدت ns ۴۰۰ دارای خط سیر شبیه سازی پایدار است. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد این پپتید به آنتی ژن LptD در موقعیت مناسب متصل می شود. میزان حداقل غلظت بازدارندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) به ترتیب ۲۵/۴۸ و۵/۹۶ (μg/ml) برای باکتری اشرشیاکلای برآورد شدند. امید است در آینده بتوان از این پپتید به عنوان ترکیبی جایگزین آنتی بیوتیک یا در کنار آن به منظور درمان بیماری های دامی با منشا اشرشیاکلای استفاده کرد.

Authors

سیده زهرا موسوی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

زهرا رشیدیان

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

یاسمن زراعت پیشه

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

علی جوادمنش

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Abbaszadegan, A., A. Gholami, Y. Ghahramani, R. Ghareghan, M. Ghareghan, ...
  • Aghamohammadi, M., D. Haine, D. F. Kelton, H. W. Barkema, ...
  • Anfinsen, C. B. ۱۹۷۳. Principles that govern the folding of ...
  • Beg, M., S. C. Thakur and L. S. Meena. ۲۰۱۸. ...
  • Berman, H. M., J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. ...
  • Bowie, J. U., R. Luthy and D. Eisenberg. ۱۹۹۱. A ...
  • Burvenich, C., V. Van Merris, J. Mehrzad, A. Diez-Fraile and ...
  • Carugo, O. and S. Pongor. ۲۰۰۱. A normalized root‐mean‐spuare distance ...
  • Chan, D. I., E. J. Prenner and H. J. Vogel. ...
  • Consortium, U. ۲۰۱۵. UniProt: a hub for protein information. Nucleic ...
  • D'Este, F., M. Benincasa, G. Cannone, M. Furlan, M. Scarsini, ...
  • Deng, H., Y. Jia and Y. Zhang. ۲۰۱۸. Protein structure ...
  • Güler, L., Ü. Ok, K. Gündüz, Y. Gülcü and H. ...
  • Huan, Y., Q. Kong, H. Mou and H. Yi. ۲۰۲۰. ...
  • Javadmanesh, A., E. Mohammadi, Z. Mousavi, M. Azghandi and A. ...
  • Karplus, M. and J. A. McCammon. ۲۰۰۲. Molecular dynamics simulations ...
  • Kwon, Y., H. Kim, Y. Kim, Y. Kang, I. Lee, ...
  • Le, T. N., T. H. Do, T. N. Nguyen, N. ...
  • Lee, J. H., K. S. Cho, J. Lee, J. Yoo, ...
  • Lointier, M., C. Aisenbrey, A. Marquette, J. H. Tan, A. ...
  • Maupetit, J., P. Derreumaux and P. Tufféry. ۲۰۱۰. A fast ...
  • Mohammadi, E. and A. Javadmanesh. ۲۰۱۹. Investigation of thermal-vulnerability of ...
  • Moura, E. C., T. Baeta, A. Romanelli, C. Laguri, A. ...
  • Mousavi, S., S. Kazemi, M. Mahroughi and A. Tanhaeian. ۲۰۲۱. ...
  • Mousavi, S., and A. Javadmanesh. ۲۰۲۲. Molecular docking of Enterocin-P ...
  • Mousavi, S., M. Tahmoorespoor, M. Sekhavati and A. Javadmanesh. ۲۰۱۸. ...
  • Mousavi, S., Tanhaeian, A., and A. Javadmanesh. ۲۰۲۲. Evaluation of ...
  • Nemaysh, V. and P. M. Luthra. ۲۰۱۷. Computational analysis revealing ...
  • Pagadala, N. S., K. Syed and J. Tuszynski. ۲۰۱۷. Software ...
  • Roshanak, S., F. Shahidi, F. T. Yazdi, A. Javadmanesh and ...
  • Roshanak, S., F. Shahidi, F. T. Yazdi, A. Javadmanesh and ...
  • Shahidi, F., S. Roshanak, A. Javadmanesh, F. T. Yazdi, Z. ...
  • Tanhaeian, A., M. Azghandi, Z. Mousavi and A. Javadmanesh. ۲۰۲۰. ...
  • Wang, J., S. Chou, L. Xu, X. Zhu, N. Dong, ...
  • Yang, J., R. Yan, A. Roy, D. Xu, J. Poisson ...
  • نمایش کامل مراجع