شناسایی تفاوت های ژنتیکی بین گاوهای نژاد هلشتاین و آمیخته های بومی شمال غرب ایران با استفاده از اطلاعات ژنومی
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 13، Issue: 37
Publish Year: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 213
This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-13-37_019
تاریخ نمایه سازی: 2 بهمن 1401
Abstract:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: انتخاب برای افزایش فراوانی جهش های جدید که فقط در بعضی زیر جمعیت ها مفید هستند، باعث باقی ماندن نشانه هایی در سطح ژنوم میشود. اغلب این مناطق با ژن ها و QTLهای کنترل کننده صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند.
مواد و روش ها: به منظور شناسایی تفاوت های ژنتیکی بین گاوهای شیری هلشتاین و آمیخته های بومی شمال غرب ایران، از اطلاعات ژنومی ۶۰ راس گاو هلشتاین و ۱۰۰ راس گاو آمیخته بومی شمال غرب ایران استفاده شد. بعد از اطمینان از ساختار مجزای جمعیت های مورد مطالعه، آماره های FST، XP-EHH و Rsb جهت شناسایی نشانه های انتخاب استفاده شد.
یافته ها: به ترتیب تعداد ۲۱، ۱۶ و ۲۴ منطقه ی ژنومی که حدود آستانه ای آماره های مربوطه را گذرانده بودند، با آماره های FST، XP-EHH و Rsb به عنوان نشانه های انتخاب، تعیین شدند. مناطق ژنومی انتخاب شده با مناطق ژنومی متناظر آن روی ژنوم گاو (ARS-UCD۱.۲ Bos Taurus Genome)، هم ردیف سازی و در نهایت تعداد ۱۰۴ و ۱۳۴ ژن به ترتیب از روش FST و روش های مبتنی بر LD، شناسایی شدند.
نتیجه گیری: برخی از ژن های شناسایی شده در مسیرهای متابولیکی مرتبط با چشایی، بویایی، مسیرهای متابولیکی سنتز چربی ها، مقاومت در برابر عوامل بیماری زا و نیز عملکرد تولید مثلی نقش دارند. همچنین برخی از ژن های شناسایی شده از طریق مسیر سیگنالینگ WNT (Wingless-type) با تولید شیر در ارتباط هستند. مناطق ژنومی تحت انتخاب جهت آنالیزهای بیشتر و یافتن شبکه های ژنی مورد بررسی بیشتر قرار گرفتند. این آنالیزها توسط نرم افزار آنلاین و مرتبط با پایگاه داده های ژنومی (DAVID) انجام گرفت. یک مورد شبکه ژنی معنی دار (۹-۱۰× ۵/۴ p<) شناسایی شد. این شبکه ژنی با گیرنده های چشایی و بیشتر برای تشخیص مزه های تلخ ارتباط داشتند. شناسایی جایگاه های تحت انتخاب، علاوه بر درک بهتر چگونگی عمل انتخاب طبیعی و مصنوعی روی نژاد هلشتاین و آمیخته های شمال غرب ایران، می تواند به شناسایی QTL ها و نواحی مرتبط با صفات اقتصادی مهم کمک کند. به طور کلی، جهت شناسایی نقش دقیق این ژن ها و QTLها باید مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام گیرد.
Keywords:
Holstein cattle breed , Iranian northwestern native crossbred cattle , Population differentiation index , Signatures of selection , آمیخته های بومی , تنوع ژنتیکی , تمایز جمعیتی , گاو هلشتاین
Authors
پریسا بیابانی
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Iran.
حسن مهربانی یگانه
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Iran.
حسین مرادی شهربابک
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Iran.
مهدی مخبر
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Urmia University, Iran.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :