ردیابی، تحلیل تبارزایی و آنالیز ژنتیک جمعیت ویروس ساقه شیاری سیب بر اساس ژن پروتئین پوششی

چکیده     ویروس ساقه شیاری سیب (Apple stem grooving virus (ASGV)) یکی از ویروس­های مهم درختان سیب است. در تحقیق حاضر به منظور ردیابی این ویروس، ۸۷ نمونه مشکوک از برگ و پوست درختان سیب دارای علائم و فاقد علائم از مناطق غربی و جنوب غربی استان زنجان و شرق استان کردستان نمونه برداری انجام شد. پس از استخراج آران­ای کل از ۵۰ نمونه از بین نمونه ­های جمع آوری شده، ساخت دی­ان­ای مکمل با استفاده از آغازگر معکوس طراحی شده منطبق بر ژن کامل پروتئین پوششی انجام شد. در واکنش زنجیره­ای پلی­مراز، قطع ه­ای به طول ۷۲۸ جفت باز مربوط به ژن کامل پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب در ۱۲ نمونه از باغات مختلف از منطقه زنجان و بیجار استان کردستان تکثیر شد. ۹ محصول پی­سی­ار برای تعیین توالی انتخاب شد، از ۹ محصول پی­سی­آر انتخاب شده چهار نمونه به­ صورت همسانه ­سازی شده در پلاسمید pTG۱۹ و پنج محصول پی­سی­ آر بصورت مستقیم توالی یابی شدند. نتایج تعیین توالی و مقایسه با پایگاه داده­­های بانک ژن نشان داد قطعات تکثیر یافته در پی­سی­ آر مربوط به ژن پروتئین پوششی ویروس ساقه شیاری سیب است. آنالیز تبارزائی جدایه­ های تعیین توالی شده و توالی­های به­ دست آمده از بانک ژن با استفاده از نرم­افزار MEGA ۷ و روش Neighbor Joining (NJ) و مدل Jukes Cantor نشان داد که جدایه­ های ایرانی تازه ردیابی شده با جدایه­ هایی از ایران، هند، کره جنوبی و چین در یک خوشه قرار می­ گیرند. نتایج بررسی جهش ­ها نشان داد dN/dS جدایه­ های ایرانی نسبت به سایر جدایه­ ها کمتر است و بیشترین تبادل ژنی جدایه­ های ایرانی با جدایه­ های کره جنوبی و چین است. این اولین گزارش از این ویروس در منطقه زنجان است.

Keywords:

کلمات کلیدی: آنالیز تبارزائی , زنجان , کردستان , کاپیلوویروس