تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی با استفاده از مطالعه گسترده پویش ژنوم برای شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با دوقلوزایی در گوسفند بلوچی
عنوان مقاله: تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی با استفاده از مطالعه گسترده پویش ژنوم برای شناسایی ژن ها و مسیرهای زیستی مرتبط با دوقلوزایی در گوسفند بلوچی
شناسه ملی مقاله: JR_ARGU-8-2_006
منتشر شده در در سال 1398
شناسه ملی مقاله: JR_ARGU-8-2_006
منتشر شده در در سال 1398
مشخصات نویسندگان مقاله:
سید مهدی اسماعیلی فرد - دانشجوی دکتری دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
سید حسن حافظیان - دانشیار دانشکده علوم دامی و شیلات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
محسن قلی زاده - استادیار دانشکده علوم دامی و شیلات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
رستم عبدالهی آرپناهی - استادیار دانشکده علوم دامی، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران
خلاصه مقاله:
سید مهدی اسماعیلی فرد - دانشجوی دکتری دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
سید حسن حافظیان - دانشیار دانشکده علوم دامی و شیلات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
محسن قلی زاده - استادیار دانشکده علوم دامی و شیلات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
رستم عبدالهی آرپناهی - استادیار دانشکده علوم دامی، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران
گوسفند بلوچی یکی از نژادهای بومی ایران است که از شرق کشور منشا گرفته و با شرایط آب و هوایی آن منطقه سازگار شده است. بازده اقتصادی اصلاح نژاد گوسفند به طور واضحی با بازده تولیدمثل میشها مرتبط است. در این پژوهش، صفت دوقلوزایی به عنوان یک صفت تولیدمثلی مهم مورد بررسی قرار گرفت. جهت انجام این پژوهش از دادههای ژنوتیپی ۹۱ راس میش بلوچی که با استفاده از ریزآرایه گوسفندی ۵۰k شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، جهت پویش ژنوم و شناسایی ژنهای مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. بدین منظور از مدل تکرارپذیری تعمیم یافته استفاده شد. در مرحله بعد، از تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی جهت شناسایی طبقات عملکردی مرتبط با دوقلوزایی استفاده شد. در این پژوهش تعداد شش نشانگر SNP واقع بر کروموزومهای ۱، ۳، ۱۰، ۱۵ و ۲۵ شناسایی شدند که با ژنهای CTH، ANKRD۱۳C، SRSF۱۱، PTGER۳، LDHB، LRRC۴۰ و KCNMA۱ مرتبط بودند. همچنین در تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد ۲۵ مسیر با صفت دوقلوزایی مرتبط بودند (p <۰.۰۱). از این میان، مسیر defense response نقش مهمی در فرآیند تخمک ریزی دارد. عمده پروتئین های این مسیر، اینترفرون ها و اینترلوکین ها هستند که با ایجاد فرآیندی مشابه التهاب سبب رهاسازی تخمک در اویداکت می شوند. مسیرهای مربوط به چسبندگی سلولی مانند cell adhesion و مسیرهای ارتباط سلولی مانند intercellular bridge و cell junction از دیگر مسیرهای معنی دار بودند. مسیر cell junction به واسطه پروتئین کانکسین CX۴۳ سبب انتقال اثر GDF۹ به سلولهای گرانولوزا میشود. نتیجه این پژوهش اولین گزارش از اثر غیر مستقیم GDF۹ بر صفت دوقلوزایی در گوسفندان ایرانی است.
کلمات کلیدی: دوقلوزایی, گوسفند بلوچی, SNP, GSEA-SNP, GWAS
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1604647/