مطالعه بیوانفورماتیک مسیر بیوشیمیایی پروتئین PUMA و نقش آن دراتوفاژی و مطالعه داکینگ مولکولی بین این پروتئین با پروتئین لاکتوفرین

طراحی دارو برای درمان هدفمند سرطان اهمیت حیاتی دارد. برای رسیدن به این هدف نیازمند به دانش دقیق در خصوص مکانیسم عمل داروها هستیم. رویکردهای سنتی کشف و طراحیدارو عمدتا مبتنی بر آزمایشهای تجربی در محیط in vivo و غربالگری دارو در شرایط آزمایشگاهی است، اما این روشها معمولا پرهزینه و پر زحمت هستند. در دهه های اخیر مطالعات اینسیلیکوفرصتی برای پیشبینی محاسباتی داروهای ضد سرطان و طراحی هدفمند آنها فراهم کرده است. دو نوع از مرگ سلولی،اتوفاژی و آپوپتوز ممکن است توسط محرک های استرس مشابهی فعال شوند که میتوانند منجر به مرگ سلولی شوند. هدف از این مطالعه، بررسی مکانیسم عملکردی (BBC۳)PUMA در مسیر اتوفاژی از طریق شبکه های ارتباطی مولکولی بین این پروتئین به عنوان تنظیم کننده اتوفاژی با سایر پروتئینهای دخیل در فرایند اتوفاژی و همچنین پروتئین لاکتوفرین به عنوان یک ترکیب زیستی ضد سرطان بود. شبکه ارتباط مولکولی بر اساس برهمکنش پروتئینی بین PUMA با سایر پروتئینها در STRING مورد بررسی قرار گرفت. جهت آنالیز داکینگ مولکولی بین PUMA و لاکتوفرین ابتدا اطلاعات آنها از پایگاه های PDB و UniProt استخراج شد و با استفاده از نرم افزار آنلاین ClusPro داکینگ مولکولی انجام شد و سپس جایگاه برهمکنش اسیدهای آمینه در ساختار پروتئینها توسط PyMol مشخص شد. نتایج حاصل از بررسی شبکه ارتباط مولکولی بر اساس برهمکنش در پایگاه STRING نشان داد کهPUMA با پروتئینهای Bcl۲, p۵۳,FOXO۳ در تعامل میباشد . بررسی برهمکنش پروتئین لاکتوفرین با PUMA توسط نرم افزار Pymol نشان داد که ناحیه N ترمینال در پروتئین لاکتوفرین با اسیدآمینه های ۱۲۷تا ۱۸۳ از دومین BH۳ در پروتئین PUMA برهمکنش داشت. ناحیه N لوب در لاکتوفرین بخش عملکردی این پروتئین را شامل میشود که علاوه بر خاصیت ضد باکتری، دارای خاصیت ضد سرطانی نیز میباشد. بنابراین از طریق این ناحیه عملکردی میتواند بر روی فعالیت پروتئین PUMA اثر بگذارد.

Keywords:

لاکتوفرین , اتوفاژی , داکینگ مولکولی , PUMA