Presenting a Meta-Heuristic Algorithm to Detect Regulatory Elements in the Genome of Breast Cancer Patients
عنوان مقاله: Presenting a Meta-Heuristic Algorithm to Detect Regulatory Elements in the Genome of Breast Cancer Patients
شناسه ملی مقاله: JR_JABS-10-1_016
منتشر شده در در سال 1399
شناسه ملی مقاله: JR_JABS-10-1_016
منتشر شده در در سال 1399
مشخصات نویسندگان مقاله:
محمدجواد حسین پور - Department of Computer Engineering, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
حمید پروین - Department of Computer Engineering, Nourabad Mamasani Branch, Islamic Azad University, Nourabad Mamasani, Iran
صمد نجاتیان - Department of Electrical Engineering, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
وحیده رضائی - Department of Mathematics, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
کرم الله باقری فرد - Young Researchers and Elite Club, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
خلاصه مقاله:
محمدجواد حسین پور - Department of Computer Engineering, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
حمید پروین - Department of Computer Engineering, Nourabad Mamasani Branch, Islamic Azad University, Nourabad Mamasani, Iran
صمد نجاتیان - Department of Electrical Engineering, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
وحیده رضائی - Department of Mathematics, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
کرم الله باقری فرد - Young Researchers and Elite Club, Yasooj Branch, Islamic Azad University, Yasooj, Iran
زمینه و هدف: امروزه در دانش پزشکی، روشهای تشخیص علائم و کشف بیماریها، بسیار وسیع و گسترده شده است. درنتیجه، تحلیل کلیه عوامل دخیل در یک بیماری، اغلب چالشبرانگیز است؛ بنابراین به یک سیستم مکانیزه برای کمک به کشف قوانین، شناسایی الگوهای موجود و پیش بینی رخ دادهای آینده، کاملا احساس میشود. در این تحقیق قصد داریم با استفاده از یک الگوریتم فراابتکاری چندهدفه، روشی را ارائه کنیم که بتواند توالیهای تنظیمی (Regulatory Elements) با طول متغیر از ژنوم را کشف و استخراج کرده و برهمکنشهای بین آنها را نیز شمارش کند. درواقع این توالی تنظیمی میتوانند نقش قابل توجهی در بروز و تشدید بیماری سرطان ایفا کنند.
مواد و روش ها: در این پژوهش، از یک متد پیشنهادی جهت کشف توالی تنظیمی در ژنوم بیمار مبتلا به سرطان سینه استفاده شده است. متد پیشنهادی در نرمافزار Matlab پیادهسازی شده است. همچنین، جهت سنجش عملکرد و کارایی روش پیشنهادی، الگوریتم موردنظر بر روی مجموعه دادههای Hi-C (Hi-C Dataset) مربوط به بیماران مبتلا به سرطان سینه در دو رده سلول خونی ۱۲۸۷۸GM و +۳۴CD معرفی شده توسط میفسود و همکاران، اجرا گردید.
نتایج: اجرای روش پیشنهادی با روش HiCUP مورد مقایسه قرار گرفت. نتایج نشان میدهند که روش MSARE در کشف توالیهای تنظیمی، عملکرد بهتری را نسبت به روش HiCUP داشته است.
نتیجه گیری: در این پژوهش، بررسیهای تجربی نشان میدهند که دو پروموتر ۶BLC و HOTTIP کشفشده توسط روش پیشنهادی در هر دو سلول خونی ۱۲۸۷۸GM و +۳۴CD در بروز و تشدید بیماری سرطان سینه تاثیر معنیداری داشتهاند.
کلمات کلیدی: Regulatory Elements, Meta-Heuristic Algorithm, BLC۶ Promoter, HOTTIP Promote, توالی تنظیمی, سرطان سینه, HiCUP, الگوریتم فراابتکاری, پروموتر BLC۶, پروموتر HOTTIP.
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1702501/