حجت الله یامی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی،دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
مجتبی طهمورث پور - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
محمدهادی سخاوتی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
علی جوادمنش - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

هدف از این مطالعه، بررسی اثرات مهاری لاکتوفرامپین- لاکتوفریسین شتری نوترکیب بر مسیر فاکتور هسته ای کاپا B (NF-кB) بود. این پپتید (CLF۳۶) که با مطالعه قبلی در آزمایشگاه بیوتکنولوژی گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد (شماره دسترسی بانک ژن: MH۳۲۷۷۶۸.۱) تهیه شده است. اثرات بازدارندگی این پپتید با شبیه سازی داکینگ مولکولی (In silico) ارزیابی شد. داده های پروتئین برای مسیر پیام رسان NF-кB از بانک داده های پروتئین (PDB) و UniProt جمع آوری شد. سپس، شبیه سازی برهم کنش (داکینگ) پپتید CLF۳۶ با مسیر پیام رسان NF-кB در بالادست، سایتوکین های پیش التهابی (مانند TNF-α و IL-۶) و در پایین دست، IKK-β وNF-κB-p۶۵  سیتوپلاسمی با استفاده از نرم افزار آنلاین  ClusPro ۲.۰انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی بر اساس برهم کنش های مولکولی این پپتید با جایگاه فعال پروتئین های مسیر NF-кB نشان داد که ممکن است نقش تعدیل کنندگی و ضدالتهابی در فرآیندهای ایمنی را با اثر مهاری بر روی سایتوکین های TNF-α و IL-۶ در بالادست و IKK-β و NF-κB-p۶۵ در پایین دست مسیر پیام رسان NF-кB  داشته باشد. این نتایج مشابه با اثرات مهاری Infliximab،Camelid Fab، NEMO و GILZ بر روی مسیر پیام رسان NF-кB است. علاوه براین، این یافته ها ممکن است یک مبنای نظری برای مکانیسم های درمانی پپتید CLF۳۶ فراهم کند.

سایتوکین های پیش التهابی, شبیه سازی داکینگ مولکولی, مسیر فاکتور هسته ای کاپا B