بررسی بیوانفورماتیکی پروموتر اورتولوگ ژن FT در گلسرخیان

مهمترین تغییر نموی در چرخه زندگی گیا هان شروع گلدهی می باشد. بسیاری از گونه های گیاهی در رابطه با توانایی گلدهی طوری تکامل یافته اند که گلدهی خود را در پاسخ به تغییرات محیطی مانند تغییر طول روز یا دما تنظیم کنند . ژن Flowering Locus T یا FT یک پروتئین اتصال فسفاتیدیل اتانول آمین می باشد، که در شرایط طول روز بلند تحت تاثیر ژن CO در برگها فعال شده و پس از انتقال به مریستم انتهایی نقش کلیدی در تولید جوانه گل بازی می کند. انتقال این ژن به گیاهان باعث تسریع گلدهی شده است، بنابراین بررسی پروموتر این ژن با مقایسه Cis-element های موجود، جهت بالا بردن آگاهی و نحوه عملکرد آنها حائز اهمیت می باشد. با به دست آوردن CDS ژن FT از NCBI ، حدود 1500 جفت باز از پروموتر این ژن از سایت Phytozome گرفته شده و با استفاده از دو سایت PLACE و Plant CARE آنالیز مربوط به پروموتر آن انجام شد. 21 مورد جعبه TATA به عنوان Core promoter در بالا دست ژن FT وجود داشت. حدود 17 مورد Cis-element پاسخ دهنده به نور و ریتم سیرکادین در این پروموتر مشاهده شد که بیانگر این است که به طور عمده عامل های رونویسی درگیر در مکانیسم های نوری به این نواحی Cis-element متصل می شوند. اگرچه که P-box به عنوان Cis-element پاسخ به هورمون جیبرلیک اسید و MBS به عنوان Cis-element اتصال به عامل رونویسی MYB، درگیر در تنش های محیطی مثل خشکی و شوری نیز در این پروموتر وجود دارد. استفاده از این گونه پروموت رها جهت استفاده در کاست های ژنی در بالا دست ژن های مؤثر در گلدهی، نه تنها در تسریع گلدهی بلکه در مطالعات فیزیولوژیک نیز حائز اهمیت می باشد. از طرفی با تسریع و تاخیر زمان گلدهی با استفاده از پروموتر یا ژن خاص به ویژه در گیاهان تراریخت (دارای ژنهای مقاومت به یک آفت کش یا آنتی بیوتیک یا ژ نهای مؤثر در نابود کردن آفت خاص و غیره) امکان انتقال دانه گرده این گیاهان به گیاهان مجاور خود را به حداقل می رسانیم. با توجه به مشکل جهانی گرم شدن کره زمین و تغییر در رفتار گلدهی گیاهان، استفاده از این گونه پروموتر ها در مدیریت تنظیم زمان گلدهی در گیاهان حائز اهمیت خواهد بود.

Keywords:

آنالیز پروموتر , بیوانفورماتیک , گلدهی , FT