Karim Mahnam - Shahrkord University
Fatemeh Mirahmadi Babaheidari - Shahrkord University

پروتئین XIAP یکی از اعضای پروتئین های مهارکننده آپوپتوز یا مرگ برنامه ریزی شده یاخته (خانواده IAP) است. پروتئین XIAP نقش باارزشی در مهار آپوپتوز بازی می کند و دربرگیرنده سه دومین BIR (Baculoviral IAP Repeat) است. دومین سوم این پروتئین یعنی BIR۳ به طور مستقیم به پایانه N پروتئین کاسپاز ۹ متصل می شود و آپوپتوز را مهار می کند. نشان داده شده است که چهار اسیدآمینه پایانه N پروتئین SMAC یعنی AVPI می توانند به BIR۳ متصل شوند و آن را مهار کنند و بنابراین، آپوپتوز را به راه اندازند. در این پژوهش ۱۵ پپتید به دومین BIR۳ داک شده اند و سپس ۱۰ نانوثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی روی هر کمپلکس به دست آمده از داکینگ انجام شد. سپس از روش مکانیک مولکولی پوازی بولتزمن سطح در دسترس حلال (MM/PBSA) برای برآورد انرژی اتصال آزاد پپتیدها به دومین BIR۳ استفاده شد. نتایج روش MM/PBSA هماهنگی نسبی با روش داکینگ وهماهنگی خوبی با نتایج تجربی موجود داشتند. نتایج نشان داد که بهترین پپتیدها با کمترین انرژی آزاد اتصال عبارت اند از ATPF و AKPW و ARPF. همچنین بررسی پیوندهای میان این پپتیدها و دومین BIR۳ در ساختار نهایی کمپلکس ها آشکار کرد که لوسین ۳۰۷ و ترئونین ۳۰۸ و گلوتامات ۳۱۴ و تیروزین ۳۲۴ دومین BIR۳ برای اتصال پپتیدها ضروری هستند. نتایج تفکیک انرژی آزاد و تعیین سهم باقی مانده های شکاف دومین BIR۳ در اتصال به این پپتیدها در طول شبیه سازی نیز هماهنگ با نتایج پیشین بود و نقش همان باقی مانده ها را در اتصال نشان می داد. همچنین گرایش بالای این پپتیدها نسبت به پپتید طبیعی ((AVPI و مقایسه آنها با سایر پپتیدها آشکار می کند که وجود بار مثبت در جایگاه دوم پپتید و وجود گروه هیدروفوب آروماتیک در جایگاه چهارم پپتید باعث افزایش قدرت اتصال پپتید می شود.

apoptosis, cancer, docking, MM/PBSA method, آپوپتوز, پروتئین, داکینگ, روش مکانیک مولکولی و پوازی بولتزمن- سطح در دسترس حلال, سرطان