شناسایی و طبقه بندی واریانت های ژنومی گاومیش های رودخانه ای خوزستان با استفاده از فناوری توالی یابی
عنوان مقاله: شناسایی و طبقه بندی واریانت های ژنومی گاومیش های رودخانه ای خوزستان با استفاده از فناوری توالی یابی
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-14-41_010
منتشر شده در در سال 1402
شناسه ملی مقاله: JR_RAP-14-41_010
منتشر شده در در سال 1402
مشخصات نویسندگان مقاله:
سید میلاد حسینی - Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
حسین مرادی شهربابک - Animal Science Department, Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
محمد مرادی شهربابک - Animal Science Department, Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
خلاصه مقاله:
سید میلاد حسینی - Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
حسین مرادی شهربابک - Animal Science Department, Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
محمد مرادی شهربابک - Animal Science Department, Agriculture and Natural Resources Campus, University of Tehran, Karaj, Iran
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: توسعه سریع فناوری های توالی یابی کل ژنوم و ابزارهای بیوانفورماتیک، نقطه شروعی برای کشف تنوع ژنتیکی گستره در سطح کل ژنوم موجودات را فراهم می کند. گاومیش از جمله حیوانات اهلی مهم در سطح جهانی است که ارزش اقتصادی زیادی برای جوامع انسانی دارد که برای تولید محصولاتی مثل شیر، گوشت، چرم و نیز بهعنوان نیروی کار از آنها استفاده میشود. گاومیشهای نژاد خوزستانی یکی از مهمترین نژاد گاومیش در ایران هستند که در غرب و جنوبغربی ایران پراکنده شدهاند. بیشترین جمعیت این نژاد در استان خوزستان وجود دارد که با شرایط جغرافیایی این منطقه کاملا سازگار شدهاند. در این مطالعه، شناسایی تنوع ژنتیکی در سطح کل ژنوم گاومیشهای نژاد خوزستانی با استفاده از تکنیک توالییابی انجام گرفت.
مواد و روشها: کنترل کیفیت خوانشهای توالییابی شده با استفاده از پارامترهای مرتبط با کیفیت بهوسیلهی نرمافزار FastQC (v۰.۱۲.۱) انجام شد. ارزیابی خوانشهای قطعات توالییابی نشان داد که همهی نمونهها از کیفیت بالایی برخوردار بودند. برای هم ردیفی دادهها با ژنوم مرجع از بسته نرمافزاری BWA-MEMاستفاده شد. در ادامه واریانتهای ژنومیک با استفاده از نرمافزار Freebayes بهدست آمد. سپس، فیلتراسیون نهایی روی فایل واریانتها انجام گرفت. این فیلتراسیون بهمنظور افزایش کیفیت آنالیز و حذف واریانتهای با کیفیت پایین انجام گرفت.
یافتهها: درصد همردیفی برای همهی نمونهها بالاتر از ۹۷/۴۴ درصد و میزان همپوشانی در نمونههای توالییابی شده بین ۴/۳x تا ۱۲/۹x بود که نشان دهندهی کیفیت مناسب خوانشها است. همچنین، در این مطالعه تعداد ۷۶.۶۷۶.۵۲۹ میلیون واریانت شناسایی شده است که بهطور نسبتا مساوی در بین کروموزومهای گاومیشهای خوزستانی توزیع شده بودند. بیشترین و کمترین تعداد واریانتها بهترتیب روی کروموزوم شماره ۱ و ۲۸ مشاهده شد. در این مطالعه، تعداد جهشهای جابهجایی و معکوس شناسایی شده در سطح ژنوم بهترتیب برابر با ۲۹۸.۱۹۳.۰۱۷ و ۱۳۵.۶۹۴.۴۶۶ و نسبت جهشهای جابهجایی به معکوس بهمیزان ۲/۱۹۸۹ (Ts/Tv) برآورد شد.
نتیجه گیری: وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت گاومیش های بومی ایران، پارامترهای باارزشی هستند که با مطالعه آن ها می توان پتانسیل ژنتیکی صفات اقتصادی در این جمعیت ها را به منظور طراحی برنامه های مناسب اصلاح نژادی مورد ارزیابی قرار داد.
کلمات کلیدی: Buffalo, Khuzestan, Variant, Whole genome sequencing, توالی یابی کل ژنوم, خوزستانی, گاومیش, واریانت
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1859738/