حسین محمدی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
محمد شمس اللهی - گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران

در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع ۲۰۶راس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشه­های K۵۰ تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت داده­ها، ۴۸۳۶۱ تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه ۲۰۴ راس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت­ها (FUNI)، با استفاده از نرم­افزار GCTA (نسخه۰/۱) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه ۹/۱) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، ۱ درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیل­های انجام شده مجموع، ۶۲ جزیره ROH با طول ۶۰/۲۴ تا ۱۳ مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزوم­های شماره ۱، ۲۴ و ۲۶ مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با ۱۱ و ۷۸/۲۰۵ مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (۰۴۳/۰) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (۰۱۸/۰) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژن­های موثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA۳D، CSF۲، ITPR۱)، ژن­های کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT۱، ITGA۲)، ژن­های کاندیدای تولید­مثل (ABHD۱۶B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی­ نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سال­های متوالی، منجر به شکل­گیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم می­تواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد.

ژن کاندیدا, سیستم ایمنی, سیگنال انتخاب, جزایر ROH, گوسفند