بررسی فیلوژنتیکی تعدادی از جدایه های ایرانی ویروس X سیب زمینی

ویروس X سیب زمینی PVX از جمله ویروس های مهمی است که سالانه منجر به خسار تهای زیادی در مزارع سی بزمینی در نقاط مختلف جهان می گردد. به منظور بررسی ویروس X سیب زمینی PVX در ایران، طی سال های 1389 لغایت 1390 بوته های سیب زمینی دارای علائم آلودگی به ویروس از استان های آذربایجان غربی، آذربایجان شرقی و اردبیل جمع آوری گردیدند. نمونه ها ابتدا با آنتی سرم اختصاصی این ویروس با آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفتند و پس از تائید وجود ویروس تعداد پنج جدایه انتخاب گردید. آر ان ای کل با High Pure Viral RNA Kit جدا سازی و پس از انجام واکنش نسخه برداری معکوس، واکنش زنجیره ای پلیمراز با یک جفت آغازگر اختصاصی جهت تکثیر پروتئین پوششی Coat Protein انجام شد. محصول PCR به طول bp 714 در پلاسمید PTZ57R/T وارد ودر باکتری E. coli مسانه سازی شد. پس از همسانه سازی و تعیین ترادف ژن پروتئین پوششی، درخت فیلوژنتیکی رسم شد. نتایج حاصل بیانگر آن است که جدای ههای ایرانی و تعدادی از جدای ههای گزارش شده در دنیا به دو گروه اصلی I و II تقسیم می شوند. گروه I نیز به دو زیر گروه IA و IB تقسیم گردید. پنج جدایه ایرانی در این دو زیر گروه قرار گرفتند. کمترین و بیشترین شباهت ترادف نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی با یکدیگر به ترتیب 94/8 % (دو جدایه از اردبیل) و 99/3 % (جدایه ای از ارومیه با جدای های از تبریز) می باشد. مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی بین جدایه های مختلف PVX بیانگر آن است که این ژن از ترادف حفاظت شده زیادی برخوردار می باشد.

Keywords:

ویروس X سیب زمینی PVX , آزمون ساندویچ الایزا DAS‐ELISA , پروتئین پوششی , درخت فیلوژنتیکی