Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements) FAIRE یا جداسازی عناصر تنظیمی با کمک فرم آلدهید در گیاه مدل آرابیدوپسیس

؛ FAIRE روشی است که اجازه جداسازی نواحی خالی از نوکلئوزوم را از کروماتین یوکاریوتها می دهد. اساس این روش بر کارایی متفاوت فرم آلدهید در تشکیل پیوند با نواحی مختلف کروموزومی است که وابسته به پروتئین های اتصالی به آنها و همچنین باز بودن ساختار کروماتین است. این نواحی کروماتینی خالی از نوکلئوزوم را می توان با یک روش نسبتا ساده بیوشیمیایی استخراج فنل- کلروفورم، پس از ایجاد اتصال بین پروتئین های هیستون با دی .ان. ای. به وسیله فرم آلدهید و قطعه قطعه کردن دی. ان. ای. با امواج صوتی جدا کرد. قطعات دی. ان. ای. ژنومی حاصل عمدتا بدون هیستون بوده و بیشتر شامل نواحی عناصر تنظیمی - که فاکتورهای رونویسی به آنها متصل میگردند- میباشد. بررسی قطعات حاصل میتواند با استفاده از واکنش زنجیر های پلیمراز گمی ، روش ریز آرایه پیمایش کل ژنوم و یا توالی یاب ی کل ژنوم انجام پذیرد. در این مطالعه برای اولین بار از روش FAIRE برای بررسی عناصر تنظیمی در گیاه آرابیدوپسیس استفاده گردید و گیاهچه های تیمار شده با ماده شیمیایی 3- آمینو 1،2،4 - تریازول که ممانعت کننده آنزیم کاتالاز است و منجر به افزایش سطح پر اکسید هیدروژن درون سلولی میگردد، مورد مطالعه قرار گرفتند. نواحی حاصل از آزمایش تحت توالی یابی کل ژنوم قرار گرفتند و حدود 100 میلیون قطعه برای هر نمونه - کنترل و تیمار شده- خوانده شد. پس از آنالیز داده ها حدود 348 ناحیه متفاوت بین نمونه کنترل و تیمار شده شناسایی گردید، که پیشنهاد دهنده کاندیداهایی برای عناصر تنظیمی کروماتینی وابسته به پر اکسید هیدروژن و/یا تغییرات بیان ناشی از آن هستند.

Keywords:

کروماتین , نوکلئوزوم , عناصر تنظیمی , فرم آلدهید , پر اکسید هیدروژن , توالی یابی کل ژنوم