تجزیه و تحلیل پروتئوم پیازچه درگونه های Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئین های با بیان متفاوت
عنوان مقاله: تجزیه و تحلیل پروتئوم پیازچه درگونه های Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئین های با بیان متفاوت
شناسه ملی مقاله: JR_IJRFP-29-2_005
منتشر شده در در سال 1400
شناسه ملی مقاله: JR_IJRFP-29-2_005
منتشر شده در در سال 1400
مشخصات نویسندگان مقاله:
مهسا اسدی - PhD student Agricultural Biotechnology , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
فرهاد نظریان فیروزآبادی - Corresponding Author, Prof. Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
محمد رضا نقوی - Prof, Dept of Agronomy and Plant Breeding, College of Agriculture and Natural Resources University of Tehran, Karaj, I.R. Iran
احمد اسماعیلی - Prof , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
خلاصه مقاله:
مهسا اسدی - PhD student Agricultural Biotechnology , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
فرهاد نظریان فیروزآبادی - Corresponding Author, Prof. Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
محمد رضا نقوی - Prof, Dept of Agronomy and Plant Breeding, College of Agriculture and Natural Resources University of Tehran, Karaj, I.R. Iran
احمد اسماعیلی - Prof , Dept. Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, IRAN
جنس Allium شامل بیش از ۹۲۰ گونه در سراسر جهان است. ایران زیستگاه اصلی بسیاری از گونه های وحشی Allium میباشد. در این مطالعه از بافت پیازچه دو گونه A. stipitatum و A. scabriscapum از دو زیرجنسMelanocrommyum و Reticulatobulbosa با هدف ارزیابی و شناسایی الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای حاصل از روش SDS-PAGE استفاده شد. برای شناسایی لکه های پروتئینی و مشاهده تغییرات بیانی دو گونه از الکتروفورز ژل دوبعدی و طیف سنجی جرمیMALDI TOF/TOF MS استفاده گردید. آنالیز ژل های حاصل از الکتروفورز دوبعدی منجر به شناسایی ۱۳۸ لکه پروتئینی شد. نتایج حاصل بیانگر شباهت اندک میان ژلها و الگوی بیانی متفاوت در بین نمونه ها بود که بر این اساس تعداد کمی لکه مشابه در هر دو ژل حاصل شد. نتایج نشان داد در پروفایل بیانی پروتئین های بافت پیازچه این نمونهها تفاوتهای معنی داری وجود داشت که با استفاده از آزمون T تعداد ۹ لکه پروتئینی دارای بیشترین تغییرات معنیدار در سطح احتمال ۵% شناسایی شدند و از بین آنها ۳ لکه متفاوت با استفاده از روش طیف سنجی جرمی برای شناسایی انتخاب شد. نتایج آزمایش طیف سنجی جرمی و تطبیق داده های حاصل با پایگاه دادههای NCBI و Uniprot و ابزارهای بیوانفورماتیکی مشخص کرد که لکه های مورد آزمایش با پروتئین های Maturase k، Agmatine coumaroyltransferase-۱ و یک پروتئین با عملکرد نامشخص بنام Hypothetical Protein مطابقت داشت. یافته های این مطالعه نشان داد با توجه به اینکه نمونه های متعلق به دو گونه A.stipitatum و A. scabriscapum از یک جنس هستند اما الگوی بیانی پروتئینهای ذخیرهای آنها در بافت پیازچه بسیار متفاوت از یکدیگر است.
کلمات کلیدی: Allium, Mass spectrometry analysis, Gene expression, Bioinformatics
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/2076316/