سمیه شمس - PhD graduated, Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
احمد اسماعیلی - Corresponding author, Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran
فرهاد نظریان فیروز آبادی - Prof., Department of Production Engineering and Plant Genetics, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran.
حسین مومیوند - Assist. Prof., Department of Horticultural Sciences, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, I.R. Iran

میرناها (microRNAها)، دسته­ ای از مولکول­ های تنظیم­کننده کوچک و غیر کدکننده هستند که بیان ژن را از طریق تخریب رونویسی یا سرکوب ترجمه تنظیم می­ کنند. میرناها، در تنظیم گستره وسیعی از فرایندهای متابولیکی و فیزیولوژیکی در گیاهان مشارکت دارند. خانواده نعناع به­ویژه مرزه خوزستانی، گیاهان شناخته شده­ ای از نظر طعم، عطر و خواص دارویی هستند. تاکنون هیچ­گونه گزارشی از شناسایی میرنا برای گیاه دارویی مرزه خوزستانی (Jamzad khuzistanica Satureja) ثبت نشده است. ازاین رو، در این مطالعه برای پیش­بینی میرنا و ژن­های هدفشان در مرزه خوزستانی، از رویکرد محاسباتی مبتنی بر جستجوی همسانی استفاده شد. یونی­ژن ­های غیر کدکننده به عنوان توالی ­های کاندید پیش ساز میرنا در نظر گرفته شدند. در نهایت پس از ارزیابی پارامترهای عمومی درصد باز GC، حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFE)، شاخص حداقل انرژی آزاد تاخوردگی (MFEI) و ساختار ثانویه ۵۸ میرنا شناسایی شد که از بین آنها با اعمال معیارهای شناسایی اختصاصی گیاهان و پالایش میرناهای پیش­بینی شده از چند رونوشت، در نهایت ۱۰ میرنا شناسایی شد. سپس ۹۳۰ رونوشت هدف با استفاده از وب­سایت psRNATarget برای آنها پیش­بینی و با استفاده از ابزار BLASTx نرم افزار (v۲.۶.۰) Blast+ NCBI تفسیر کارکردی شد. بررسی ژن­های هدف نشان داد که ژن­های پاسخ دهنده اکسین، ژن­های GRAS ((Gibberlic-acid insensitive (GAI), Rspressor of GAI (RGA) and Scarerow (SCR))، ژن AGO۲ ( ۲ Argonaute) و ژن­های خانواده LAC (Laccase) از اهداف عمده میرناهای شناسایی شده در مرزه خوزستانی هستند. تجزیه وتحلیل غنی­سازی مسیر در ژن­ های هدف نشان داد که مسیر بیوسنتز متابولیت­های ثانویه به­طور معنی­ داری جزء اهداف میرناهای شناسایی شده هستند. این مطالعه، اولین گزارش از شناسایی میرنا در مرزه خوزستانی بوده که نقش آنها را در تنظیم ژن­های هدف توصیف می­ کند.

Computational analysis, Satureja khuzistanica, MicroRNA, Non-coding