روش جدید خوشه بندی مبتنی بر چگالی با قابلیت یافتن خوشه های همپوشان برای داده های بیان ژن

مدیریت و استخراج اطلاعات مهم از داده های میکروآرایه، مساله مهمی در حوزه بیوانفورماتیک است. یافتن خوشه های همپوشان با دقت بالا در درک تعاملات صحیح مابین ژنها و در نتیجه آن، یافتن شبکه های ژنی 3 قابل اطمینان نقش مهم و بسزایی دارند. در این مقاله، یک روش جدید مبتنی بر چگالی با قابلیت یافتن خوشه های همپوشان از داده های میکروآرایه معرفی می شود. از مزیت های روش های مبتنی بر چگالی این است که خوشه ها می توانند اشکال متفاوت با دقت و کیفیت بالایی داشته باشند . دراین روش جدید، هر داده بیان ژن بصورت یک شی و ویژگی شماره خوشه بصورت یک آرایه یک بعدی در نظر گرفته شده است. این امر سبب میشود یک ژن بتواند همزمان در چند خوشه حضور داشته باشد. نتایج بدست آمده در مرحله آخر بررسی می شوند تا در صورت امکان خوشه ها ادغامشوند. الگوریتم پیشنهادی با روش مبتنی بر چگالی DBscan مقایسه شده است. امکان همپوشانی در خوشه ها سبب می شود تشابه بین ژن ها در یک خوشه افزایش یابد. نتایج ارزیابی نشان می دهد که الگوریتم کارآمد است و نتایج قابل قبولی برای خوشه بندی داده بیان ژن بهمراه دارد

Keywords:

خوشه بندی , خوشه های همپوشان , خوشه بندی مبتنی بر چگالی , داده بیان ژن , میکرو آرایه