بررسی بیوانفورماتیکی پروتئین های آرگونات در گیاه خیار (Cucumis sativus L)

یکی از مهمترین پروتئین هایی که در سالهای اخیر توجه محققین را به خود جلب کرده است پروتئین های آرگونات می باشند. پروتئین های آرگونات به عنوان جزئی جدایی ناپذیر از تمام small RNA های شناخته شده می باشند که فعالیت برشی اندونکلئولیتیکی، برای بسیاری از آنها ثابت شده است. گیاه خیار یکی از چندین گیاهی می باشد که اخیراً تعیین توالی شده است و گزینه ی مناسبی برای اغلب تحقیقات بیوانفورماتیکی می باشد. هدف از این تحقیق مطالعه بیوانفورماتیکی پروتئین های آرگونات موجود در گیاه خیار با استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی می باشد. برای شروع مطالعه ابتدا توالی های آمینواسیدی پروتئین های آرگونات دو گیاه خیار و آرابیدوپسیس از پایگاه اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس با استفاده از نرم افزار clustalW، همردیفی توالی های صورت گرفت، در ادامه با استفاده از نرم افزار boxshade نواحی حفظ شده این توالی ها به صورت ملموس تر نشان داده شد. سپس با استفاده از نرم افزارهای smart و mega4 به ترتیب دامنه ها و درخت فیلوژنی این پروتئین ها مشخص شد و در انتها با استفاده از نرم افزار clcmain workbench بررسی های بیشتری روی این پروتئین ها انجام شد. این تحقیق نشان داد که خیار دارای 6 پروتئین آرگونات می باشد که از نظر مناطق حفظ شده و دامنه ها قرابت زیادی با پروتئین های آرگونات موجود در آرابیدوپسیس دارند و ژن های کد کننده این پروتئین ها در خیار بر روی کروموزوم های 5، 4، 1 و 6 قرار گرفته اند. پروتئین های آرگونات موجود در خیار به طور کلی دارای دو الی سه دامنه اصلی به نام های MID, PAZ و PIWI می باشند و این پروتئین ها هنگام رسم درخت فیلوژنی در سه دسته مجزا قرار می گیرند.

Keywords:

پروتئین های آرگونات , خیار , بیوانفورماتیک