شناسایی باکتری های Xanthomonas و رسم درخت فیلوژنتیکی با روش توالی یابی ناحیه ی 16S Rdna

مشخصه ی بیماری زا بدن Xanthomonas در گیاهان، این میکروارگانیسم را به عنوان موضوعی برای مطالعات بی شماری مطرح نموده است. اخیراً روش های مولکولی برای شناسایی میکروارگانیسم ها به طور فزاینده ای مورد استفاده قرار گرفته است. یکی از این تنیک های مولکولی برای شناسایی میکروارگانیسم ها بررسی توالی 16SrDNA است. بخش قابل ملاحظه ای از ژن 16SrDNA در همه ی جنس های باکتریایی حفاظت شده است، در حالی که بخش کوچکی متغیر است و از مسئله برای تخمین فاصله ی ژنتیکی استفاده می شود. در این مطالعه ما به شناسایی گونه های Xanthomonas بر اساس توالی 16SrDNA با کمک پرایمرهای یونیورسال مربوط به این توالی پرداختیم. کل DNA ژنومی با کمک روش فنل- کلروفرم استخراج شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز با کمک پرایمرهای یونیورسال 27F و 1492R انجام گرفت و محصولات روی ژل آگارز 1% بارگذاری شد. بعد از مشاهده ی باند شارپ مورد نظر و ع دم وجود باند اضافی، محصولات PCR برای تعیین توالی فرستاده شدند. نتایج تعیین توالی ها توسط نرم افزار bioEdit و Chromas pro بررسی شد و برای شناسایی از پایگاه اینترنتی NCBI استفاده شد و توالی ها BLAST شدند و میزان شباهت آن با گونه های موجود در پایگاه بررسی شد. برای رسم درخت فیلوژنی از نرم افزار MEGA5 استفاده شد که این کار با متد neighborjoining انجام گرفت و رابطه فیلوژنی آنها بررسی شد. نتایج نشان دادند که سویه های مورد بررسی باکتری های Xanthomonas می باشند. اکثر آن ها شباهت بالایی با Xanthomonas داشتند. در حالی که یک سویه شباهت بالایی با Xanthomonas translucens را نشان داد. نتایج نشان داد توالی های 16SrDNA در میان باکتری های Xanthomonas بسیار حفاظت شده هستند و از این رو شباهت بسیار بالایی بین آنها وجود دارد. لذا برای شناسایی آنها در سطح سویه می توان از روش های دقیق تر از قبیل هیبریداسیون DNA-DNA و غیره استفاده نمود.

Keywords:

, PCR , 16S Rdna , Xanthomonas , درخت فیلوژنی