بررسی بیوانفورماتیکی microRNAs برای شناسایی ژنها و مسیرهای سلولی مرتبط با مدولوبلاستوما

Publish Year: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 1,138

This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS12_0920

تاریخ نمایه سازی: 5 بهمن 1392

Abstract:

مقدمه: مدولوبلاستوما شایعترین بدخیمی رایج در میان تومورهای مغزی کودکان می باشد. مکانیسمهای مولکولی مرتبط با این تومورها تاکنون به طور کامل شناسایی نشده است. تحقیقات اخیر نقش microRNAs را در تنظیم فرآیندهای مربوط به مدولوبلاستوما اثبات کرده است. microRNAs ها با اتصال به ناحیه 3’UTR رونوشت یک ژن سبب تنظیم بیان آن می شود. مطالعات انجام شده تنظیم کاهشی پنج hsa- mir-124, has-miR-128a, has-miR-138, has-miR-150, miRNA و has- leT-7g را در مدولوبلاستوما تأئید کرده است. هدف: بررسی ابیوانفورماتیکی این miRNA ها به منظور شناسایی ژنها و مسیرهای سلولی مرتبط با مدولوبلاستوما و معرفی هدف های درمانی جدید برای این سرطان شایع در میان کودکان می باشد. روش: توالیهای مربوط به این miRNA ها از بانک اطلاعاتی miRBase دانلود و از برنامه های Target Scan, PicTar, miRanda و MicroCosm برای جست و جوی تمامی توالیهای 3’UTR رونوشتهای ژنهای موجود در بانکهای اطلاعاتی NCBI و ENSEMBL که جایگاه اتصال برای این miRNA ها را داشتند استفاده شد. پایگاههای اطلاعاتی BBID, KEGG و BIOCARTA برای شناسایی مسیرهای سلولی مرتبط با این ژنها و miRNA ها مورد استفاده قرار گرفت. همچنین برای شناسایی خوشه های ژنی که جایگاهها اتصالی مشابه برای miRNA ها و درنتیجه الگوی تنظیمی مشابه را دارند از روش خوشه بندی سلسله مراتبی با استفاده از نرم افزارهای Cluster3و Tree View و انجام آنالیزهای آماری مربوط انجام شد. هم ترازی توالی miRNA ها نیز توسط برنامه تحت وب T-Coffee انجام شد. نتیجه: در مجموع صد و نه ژن با تعداد جایگاههای پنج، چهار و سه برای miRNA های مورد نظر شناسایی شد. از این بین ژن ARAF با کسب بیشترین امتیاز در صدر ژنهای شناسایی شده با پنج جایگاه اتصال برای miRNA قرار گرفت. ژنهای RRAS, RHOT2, LIPH, CTPS2, RAB34, BAX, PDCD6, SOCS از جمله ژنهای مهم شناسایی شده بودند که نقش این ژنها در سایر سرطانها تأئید شده است. دوازده مسیر سلولی مرتبط با این ژنها یافت شد که از این بین دو مسیر سلولی مربوط به آبشارهای پیام رسانی و فرآیندهای متابولیکی پروتئینهای سلولی از جمله مهمترین مسیرها بودند. نتایج حاصل از خوشه بندی سلسله مراتبی نشان داد که hsa-miR-150، hsa-miR-128a در یک خوشه قرار گرفته و در نتیجه الگوی تنظیمی مشابه ای را دارا هستند. همچنین هم ترازی ا نجام شده بین جفت miRNA ها این موضوع را که این دو miRNA دارای بیشترین تشابه در ناحیه تنظیمی خود هستند را تأئید کرد.

Authors

رضا ذاتی کیخا

دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک مولکولی دانشگاه شهید بهشتی

شیرین فریور

استادیار دانشکده علوم زیتسی دانشگاه شهید بهشتی

سیده ریحانه آخرتی ثانی

دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی دانشگاه الزهرا

شکوفه فاضلی

دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک مولکولی دانشگاه شهید بهشتی

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Beeram M, Patnaik A and Rowinsky E.(2005). Raf: A Strategic ...
  • Doench JG, Sharp PA.(2004).Specificity of microRNA target selection in translationl ...
  • Du T, Zamore PD (2005). microPrimer: the biogenesis and function ...
  • Ferretti E, De Smaele E, Po A, Di Marcotullio L, ...
  • Hu Z.(2009) Insight into microRNA regulation by analyzing the characteristics ...
  • Jackson RJ, Standart N(2007). How do microRNAs regulate gene expression? ...
  • John B, Enright AJ, Aravin A, Tuschl T, Sander C, ...
  • Kozomara A and Griffiths S (2011). miRBase: integrating microRNA annotation ...
  • Leicht D, Balan V, Kaplun A, Gupta V, Kaplun V, ...
  • Lu J, Getz G, Miska EA, Alvarez-S aavedra E, Lamb ...
  • Northcot PA, Fernandez LA, Hagan JP, Ellion DW, Grajkowska W, ...
  • Pierson J, Hostager B, Fan R, Vibhakar R (2008). Regulation ...
  • Singh SK, Hawkins C, Clarke ID, Squire JA, Bayani J, ...
  • Venkatarama n S, Alimova I, Fan R, Harris P, Foreman ...
  • Wang Q, Li H, Liu N, Chen XY, Wu ML, ...
  • 7 -Wechs ler-Reya R, Scott MP (2001). The developmental biology ...
  • Faculty of Sciences _ Alzabrah University, Tehran , Iran _ ...
  • 'UTR transcripts of a gene and the gene expression is ...
  • نمایش کامل مراجع