بررسی بیوانفورماتیکی ناحیه پروموتر ژن های رمز کننده H(+) - ATPase غشای پلاسمایی در Arabidopsis thaliana

؛ H(+)- ATPase غشای پلاسمایی یکی از مهمترین پروتئین های عملکردی است که نقش مهمی در فعالیت های فیزیولوژیک گیاه دارد. الگوی بیان ژن رمز کننده این پمپ تحت تأثیر تغییرات محیطی تغییر می کند. در گیاهان مختلف از جمله آرابیدوپسیس ایزوفرم های مختلفی از این پمپ پروتونی گزارش شده است. در این مطالعه به منظور بررسی عناصر تنظیمی موجود در پروموترهای ایروفرم های مختلف این ژن، 11 ایزوفرم مختلف ژن رمز کننده پمپ پروتونی (HA) از نظر عناصر تنظیمی موجود در پروموتر آنها با استفاده از سایت Plant care مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج نشان دادند که ایزوفرم AHA7 دارای بیشترین تعداد موتیف است و در بین موتیف ها عناصر تنظیمی CAAT-box و TATA-box بیشترین تعداد را شامل می شدند. I-box که نقش آن در پاسخ به نور است در AHA2 و AHA9 وجود نداشت در حالی که در سایر ایزوفرم ها دیده شد. درخت فیلوژنی با روش Neighbor – joining که میزان ضریب اطمینان شباهت بین ایزوفرم ها را نشان می دهد رسم شد. همچنین نتایج نشان دادند که ایزوفرم هایی که از نظر تعداد عناصر تنظیمی موجود در پروموتر شبیه به هم هستند در یک گروه قرار می گیرند.

Keywords:

ایزوفرم , عناصر تنظیمی , فیلوژنی , پروموتر