بررسی تنوع و ارتباط ژنتیکی بین ژنوتیپ های زیتون خودرو و وحشی ایرانی با استفاده از روشهای بیوانفورماتیک

زیتون Olea europaea L.)) در طول تاریخ یکی از مهمترین محصولات کشاورزی بوده است. برای مشخص کردن ارتباط زیتون با اجداد تیپ وحشی آن باید نحوه مدیریت منابع ژنتیکی و تعیین منشاء کولتیوارها بطور کاربردی مورد اصلاح قرار گیرد. در این راستا ترکیب نشانگرهای ریز ماهواره هسته ای و کلروپلاستی رویکرد مکملی است که میتواند اطلاعاتی بر مبنای مقیاسهای زمانی متفاوت ایجاد کند. در این مطالعه ،124 زیتون وحشی جمع آوری شده از 9 استان ایران با استفاده از 11 نشانگر ریزماهواره و 01 پلیمورفیسم کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفتند. درخت تکاملی نمونه های مورد مطالعه بر مبنای توالی کلروپلاستی هاپلوتیپهای مختلف با استفاده از نرم افزار Network 4.610 رسم گردید و با استفاده از نرم افزار GenAlex 6.41 تواتر آللی برای هر یک از لوکوسها و جمعیتها محاسبه شد. به منظور تخمین میزان آللهای تهی، از برنامه Micro-Checker ver. 2.2.3 استفاده شد. جهت ارزیابی امکان جدایی نمونه ها در جمعیتهای مختلف، اطلاعات به دست آمده از SSR تمامی نمونه ها بوسیله نرم افزارSTRUCTURE 2.3.1 بررسی گردید. دندروگرامUPGMA مبتنی بر مطالعات فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار MEGA 5 ترسیم گردید. آنالیزهای والدینی جهت تعیین ارتباط نیایی در بین ژنوتیپها با استفاده از نرم افزار CERVUS 3.0.3 انجام شد، همچنین تفکیک پراکنش ژنتیکی به دو گروه قابل تشخیص از لحاظ جغرافیایی و ژنتیکی توسط نرم افزار SAMOVA 1.0 نمایش داده شد. بطور کل در ژنوتیپ های مورد مطالعه سه هاپلوتیپ کلروپلاستی متفاوت تشخیص داده شد، که این سه دسته به ترتیب نشان دهنده همسانی کامل با زیرگونه هایOlea europaea sub. cuspidate از هند (CP1) و نپال (CP2) و رقم فرانتویو از مدیترانه بودند. آنالیز Network نشان داد که ژنوتیپ های دارای کلروتایپ cuspidate بطورمشخصی از سایرین متفاوت هستند ،که این امر موجب شکل گیری فرضیه مشارکت این ژنوتیپ ها در تکامل زیتونهای کشت شده میشو د. نتایج به دست آمده از نرم افزار GenAlEx نشان دهنده حضور آللهای منحصربفرد در برخی از استانهای ایران بود و همچنین میزان هتروزیگوسیتی مشاهده شده پایین تر از هتروزیگوسیتی مورد انتظار در جمعیت مورد بررسی میباشد، که این نتایج با استفاده از نرم افزار Micro-Checker نیز تأیید گردید. ساختار جمعیتی حاصل از 10000 تکرار ( با نرمافزار Structure) و گروههای K از 2 تا8 ، ژنوتیپهای خودرو استانهای مختلف را از یکدیگر و همچنین ژنوتیپهای خودرو و وحشی را از هم تفکیک کرد. طبق آزمون والدینی Cervus، تلاقی بین کولتیوارهای اصلی میتواند عامل ایجاد

Keywords:

تنوع ژنتیکی , مارکرهای cp-DNA , نشانگرهای Olea europaea , SSR