توسعه ی نرم افزار CS-MINER به عنوان ابزاری برای جستجوی منطقی در فضای دارویی

عنوان نرم افزار CS-MINER ، مخفف عبارت Chemical Space Miner می باشد و به عنوان ابزاری برای جستجو در فضای شیمیایی-دارویی طراحی گردید. در توسعه ی این نرم افزار از الگوریتم های طبقه بندی و روش های تفکیکی چند متغیره استفاده شد .پایگاه اصلی مولکولی در این نرم افزار شامل بیش از200000 ترکیب شیمیایی می باشد که بر اساس فعالیت بیولوژیکی وبازداری آنزیم ها و پروتئین های زیستی دسته بندی شدند. مولکول های جمع آوری شده متعلق به بیش از صد دسته ترکیب دارویی با اهداف بیولوژیکی متفاوت می باشند. ساختار سه بعدی مولکول ها با استفاده از هامیلتونینAM1 در نرم افزارHyperChem بهینه گردید. به منظور ایجاد یک فضای شیمیایی بزرگ و متنوع، در مجموع 1497 توصیف کننده ی مولکولی برای هر مولکول محاسبه گردید. از روش های طبقه بندی برای تقسیم بندی فضای شیمیایی تولید شده استفاده شد. فضای شیمیایی به نحوی تقسیم بندی می گردد که در هر قسمت، تنها ترکیبات شمیایی با هدف بیولوپیکی معینی قرار گیرند. این نرم افزار برای طبقه بندی ترکیبات بر اساس فعالیت و هدف بیولوپیکی آن ها طراحی شده است. پس از توسعه ی مدل های طبقه بندی با استفاده از CS-MINER، می توان از آن ها برای غربال گری مجازی پایگاه های مولکولیZINC و PUBCHEM استفاده نمود.

Keywords:

فضای شیمیایی , روش های طبقه بندی , روش های تفکیکی چند متغیره