ساخت پایگاه داده از قطعات پپتیدی: دیدگاهی جدید برای طراحی پروتئین های نوترکیب

در سالهای اخیر طراحی و ساخت پروتئینهای نوترکیب و چندعملکردی گسترش یافته است. برای این منظور چندین دمین عملکردی را میتوان توسط لینکرهای الیگوپپتیدی به یکدیگر متصل نمود. در صورت عدم ارتباط فیزیکی بین این دمینها ،انتخاب قطعه لینکر کار سادهای خواهدبود. این قطعه، با توجه به مسئله می تواند یک لینکر با انعطاف پذیری بالا و یا لینکری غیرقابل انعطاف باشد تا باعث تنظیم حرکت دمینها گردد. در صورتی که این دمینها با هم اتصال فیزیکی داشته باشند، طراحی لینکری که در آن این اتصال و همچنین ساختار فضایی دمینها در نظر گرفته شود پیچیده خواهد بود؛ این لینکر باتوجه به توالی و فاصله ی دو انتهای آن و نیزساختار فضایی دومین های مرتبط، لینکری اختصاصی خواهدبود. برای تسهیل طراحی پروتئین های نوترکیب، پایگاه دادهای تهیه شد. این پایگاه داده شامل قطعات پپتیدی انتخاب شده بیش از 9000 ساختار پروتئینی موجود د ر پایگاه اطلاعاتی PDB است. این قطعات براساس برخی خصوصیات مانند محتوای آمینواسیدی، ساختار دوم، طول توالی، سطح در دسترس و فاصله بین انتهای آمینی و کربوکسیلی طبقه بندی شده اند. براساس خصوصیات قطعه مورد نظر، میتوان با جست وجو درون این پایگاه داده توالیهای پپتیدی مناسب را یافت.

Keywords:

پایگاه داده قطعات پپتیدی , پایگاه داده لینکر , لینکر های اولیگوپپتیدی , پروتئین های نوترکیب