بررسی کاربردهای بیوانفورماتیک در معماری های موازی

براساس الگوریتم بیوانفورماتیک، طیف گسترده ای از پیاده سازی وجود دارد. با تسریع سرعت برنامه، بسیاری از برنامه های کاربردی، روش هوشمندی را برای جبران زمان اجرایی بکار برده اند. یکی از مهمترین نقایص این روش اینست که بهینگی از بین رفته است. بعنی همیشه نتایج مورد نظر ممکن است یافت نشود. برای غلبه بر این مشکل، بسیاری از معماری های سخت افزاری مختلف برای الگوریتم بیوانفورماتیک آزمایش شده است از جمله ماشین گسترده سلولی،خوشه و محاسبه معماری ماشین یکپارچه، که در آنها تکنیک اصلی برای بدست آوردن کارایی بالا برای موازی ساز ی کارها، بطور همزمان توسط واحدهای اجرای برداری متعدد با استفاده از معماری منفرد دستورات، چندگانه داده ها(SIMD) و توسط چندین پردازنده با استفاده از معماری چندگانه دستورات،چندگانه داده ها(MIMD) اجرا می شوند. در این مقاله ما یک بررسی از داده های برنامه های کاربردی بیوانفورماتیک فشرده روی انواع مختلفی از معماری موازی قابل دسترس، برای سرعت بخشیدن به پردازش مجموعه داده های بزرگ بیولوژیکی ارائه می دهیم.

Keywords:

: بیوانفورماتیک , الگوریتم , ماشین گسترده سلولی , معماری موازی