طراحی کامپیوتری پپتیدهای حلقوی و خطی به عنوان مهارکننده رسپتورTrk b و نشان دادن تفاوت بین عملکرد باندشدن و کانفورمیشن آنها

سرطان به عنوان دومین عامل مرگ ومیر در کل جهان میباشد ،که طبق آمار انجام شده در سال 2008 در حدود 31 درصد معادل 6/7 میلیون انسان در اثراین بیماری مهلک جان خود را از دست داده اند.روش های مختلفی برای درمان سرطان به کار گرفته شده که شامل جراحی و شیمی درمانی و مونو کلونالآنتی بادی و اخیرا پپتید درمانی می باشد ، که پپتید درمانی نسبت به موارد دیگر دارای مزایایی از قبیل سایز کوچکتر آنها ،سازگاری ساختاری بیشتر باپروتئین مورد نظر و همچنین توانایی ایجاد کردن اختلال بین اینترکشن های پروتئینی و دیگر اینکه عوارض جانبی کمتری نسبت به دیگر مو ارد نشان میدهند. رسپتورهایTrk[tropomyosin-receptor-kinase] به عنوان یک عامل انکوژن شناخته شده اند بنابراین هدف از این مطالعه طراحی کردنپپتیدهای حلقوی و خطی می باشد که این پپتیدها بر اساس توالی های منطقه سه در اعضای خانواده نئوتروفین ها که شاملBrain-Derived Neurotropic Factor (BDNF), Neurotrophin3(NT-3)Neurotrophin 4/5انتخاب شده اند .در این پروتکل در مرحله اول ، ساختار سه بعدیپپتیدهای مورد نظر با استفاده از روش molecular dynamicدر نرم افزار Hyperchem 7 ایجاد شده اند ، در مر حله بعدیDocking این پپتیدهایحلقوی و خطی با رسپتورهای Trk با استفاده از نرم افزار HADDOCKتکمیل شد ، در نهایت نتایج نشان داد که تفاوت قابل توجهی در عملکردباندینگو کانفورمیشن آنها بین این پپتیدها ی حلقوی و خطی وجود دارد.