بررسی اپی توپ های خطی و کونفورماسیونی پروتئین 3QLB در سودوموناس

غلظت آهن آزاد و در دسترس در بدن میزبان انسانی به مراتب کمتر از حداقل غلظت مورد نیاز برای رشد باکتر های پاتوژن می باشد. بنابراین سودوموناس هادر شرایط فقر آهن در سطح خود پروتئین خاصی را بیان می کند. نقش این دسته از پروتئین ها در جذب آهن برای باکتری های دیگر از جمله اشیرشیاکلی، اسینتوباکتربومانی و نایسریا مننژتیدیس نیز گزارش شده است. آنتی بادی تولید شده بر علیه این پروتئین ها ، با بلوکه کردن مسیر جذب آهن میتواند اثر باکتری سیدال یا باکتری استاتیک اعمال کند. بنابراین این پروتئین کاندید مناسبی برای تولید واکسن های نوترکیب می باشد. مشخصه یک آنتیژن برای اتصال اختصاصی به آنتی بادی به عنوان آنتی ژنسیته آن در نظر گرفته می شود و بعلاوه توانا یی آن آنتی ژن برای برانگیختن پاسخ های ایمنی قدرت ایمونوژنسیته آن آنتی ژن نامیده می شود. تلاش برای کشف پپتید هایی که می توانند اپی توپ های پروتئین را تقلید و پاسخ ایمنی مشابهی باپروتئین کامل را ایجاد کنند بسیار حائز اهمیت می باشد. بنابراین روش های تئوری برای پیش گویی اپی توپ ها گسترش زیادی یافته است که منجر به سنتز پپتید هایی شده که از نظر تست های تشخیصی ایمنی و نیز تولید واکسن اهمیت زیادی دارند. مهم ترین هدف پیش گویی اپی توپ سلول هایB طراحی ملکولی است که می تواند در پروسه های تولید آنتی بادی و یا رد یابی و تشخیص آنتی بادی جایگزین آنتی ژن اصلی گردد. Ellipro نرم افزاری برپایه ساختار پروتئین می باشد که توانایی پیش گویی اپی توپ های پیوسته و ناپیوسته را تواما دارا می باشد. این نرم افزار به هر یک از اپی توپ های پیشگویی شده نمره ای را اختصاص می دهد که این نمره به عنوان متوسط مقدار PI در طول آمینواسید های موجود در اپی توپ پیش گویی شده می باشد. هر اسید آمینه میزان پیش آمدگی یا جلوافتادگی آن اسید آمینه در ساختار پروتئین می باشد. بهترین اپی توپ خطی پیش گویی شده دارای PI منظور ازمی باشد که در موقعیت 603 الی 616 قرار گرفته است. مهم ترین اپی توپ کونفورماسیونی پیش گویی شده 0.858 PI و YTLPEGPLSGLGFG توالی S49, P52, P157, L158, D159, K160, P161, F162, H163, I167, G169, G170, S171, F179, F181, S182, برابر با 0.739در موقعیت PI با G183, P184, L185, D186, D187, E188, G189, Q190, F191, L192, Y193, L195, F220, T221, W222, K223, P224, N225, D226, D227, T228, S229, L230, L232, L286, H288, R289, L290, N291, D292, V293, W294, S295, L296, N342, A344, Q345, A346, R347, W348, N349, L350, G351, S352, T353, Q354, M355, V356, S357, L358, L359, G360, I361, Y363, V412, V414, A416 است واقع شده Q418, Q419, F420, T421, F422, D423, E424, H425, W426, V427, L428, T429, V430, G431, Q434, K456, F457, Y459 .

Keywords:

بیوانفورماتیک , پیش گویی اپی توپ