آنالیز ترجیح کدونی در ژنوم سیانوباکتری Synechococcus sp.

سیانوباکترها تنها باکتری هایی هستند که فتوسنتز کرده و تولید اکسیژن مینمایند. امروزه این موضوع که سیانوباکترها منشاء پلاستیدهای گیاهی میباشند،بطور کلی پذیرفته شده است. سیانوباکترها به عنوان موجودات مدل برای مطالعه مکانیسم های مختلف فتوسنتز بکار گرفته میشوند. در این بررسی، عوامل اصلی مؤثر بر ترجیح کدونی در ژنوم Synechococcus sp. گزارش شده است. بدین منظور از تجزیه تطبیقی به عنوان روشی مرسوم در آمار چندمتغییره استفاده شد. نتایج نشان داد که تمایل اصلی با سطح بیان ژنی، همبستگی قوی داشته که با »شاخص سازگاری کدونی« سنجش شده و از طریق توزیع ژ نهابر روی محور اول تأیید شد. با توجه به همبستگی معنی دار محور اول با محتوای GC و GC3 در هریک از توالی ها و همچنین همبستگی آشکار و معنی دار بین »تعداد مؤثر کدون ها «و محتوای GC و GC3، اینگونه استنباط شد که ترجیح کدونی متأثر از ترکیب نوکلئوتیدی ژن ها نیز بوده است. همچنین،12 کدون به عنوان »کدون های بهینه« معرفی شدند که اطلاعات مفیدی را برای دستورزی ژنی و مطالعات تکاملی در اختیار قرار میدهند.

Keywords:

ترجیح کدونی , تجزیه تطبیقی , کدونهای بهینه , Synechococcus