رویکرد بیوانفورماتیک برای تولید فیوژن پروتئین کایمریک اپسیلون بتا clostridium perfringens و بیان آن در Escherichia

فن آوری فیوژن پروتئین یک استراتژی کارآمد با صرفه اقتصادی و پرسرعت برای بیان پروتئین است. باکتری های جنس Clostridium از گروه باکتری هایبی هوازی هاگزا هستند. توکسین های اپسیلون و بتا Clostridium perfringens از توکسین های قوی کلستریدیائی به شمارمی آیند که می توانند بیماریهای کشنده ای را در دام تولید کنند. مقاله حاضر فیوژن آزمایشگاهی(in silico) ژن های اپسیلون و بتا کلستریدیوم پرفرینجنز تیپ های D و B را که برایکلونینگ در E.coli استفاده شده اند مورد بررسی قرار می دهد. ژن های اپسیلون (etx) و بتا (cpb) از بانک ژن بدست آمد و فیوژن ژن مورد نیاز برایتولید فیوژن پروتئین کایمریک طراحی گردید. فرمول (5–2 = A(EAAAK)nA (n که در آن توالی AEAAAK تکرار می شود برای طراحی رابط استفادهشد و ژن های اپسیلون و بتا با استفاده از این رابط به یکدیگر فیوز شدند. رمز توالی های اسید آمینه ا ی رابط از طریق نرم افزارهای آنلاین و با در نظرگرفتن کدون های نادر ،برای میزبان E. coli بهینه سازی شد .توالی رمز کننده این رابط روی پرایمر پایین دست ژن اپسیلون و پرایمر بالادست ژن بتا تعبیهگردید. سپس ساختمان دقیق فیوژن ژن و ساختمان های دوم و سوم فیوژن پروتئین و ویژگی های آن با استفاده از نرم افزار های بیوانفورماتیک مطالعه وتعیین گردید. نتایج نشان دادند که فیوژن ژن طراحی شده از ساختار مناسبی برای بیان فیوژن پروتئین مورد نظر برخوردار است.

Keywords:

کلستریدیوم پرفرینجنز , توکسین اپسیلون , توکسین بتا , فیوژن آزمایشگاهی(in silico)