شناسایی، طبقهبندی و مطالعه فیلوژنتیکی اعضای خانواده گلوتاتیون S-ترانسفراز در گیاه جو

خانواده گلوتاتیون S-ترانسفراز به عنوان فاکتورهای آنتی اکسیدانی، نقش مهمی را در تحمل تنشهای مختلف در گیاهان ایفا میکنن د. تحقیقات بسیاری درزمینه تعیین ساختار، فعالیت و تکامل آنها به ویژه در گیاهان مدل مانند آرابیدوپسیس و برنج انجام شده است. در گیاه جو(Hordeum vulgare, L.) بهعلت عدم وجود توالی کامل ژنومی، این خانواده کمتر مورد مطالعه قرار گرفته است. در این پژوهش، به منظور شناسایی اعضای خانوادهGST در گیاه جو،جستجو و همردیف سازی با استفاده از ابزار tBLASN بر علیه دادههای نوکلئوتیدی جو در بانک اطلاعاتی NCBI، با استفاده از یک نماینده از هر هشتکلاس خانواده GST موجود در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا صورت گرفت. سایر اعضای خانواده GST از طریق کاوش در پایگاه دادههای cDNAهای کامل جوو با روش tBLASTN شناسایی شدند. آستانه خطا در این روشE value ≤ e-20 در نظر گرفته شد. حضور دمین شاخص پروتئین(GST-N GST domain) در تمامی اعضا تأیید شد. جهت تشخیص توالیهای همانند تکراری، از شاخص 95% یکسانی بین توالیها استفاده شد. در صورت عدم وجود توالیرمزدهی شده توسط ژن مورد نظر در بانکهای اطلاعاتی، قالب باز خواندنی (ORF) توالی cDNA موجود با استفاده از نرم افزار DNA STAR مشخص و بهکمک نرم افزار ExPASY translate tool ترجمه شدند. مناطق مشابه و حفظ شده مربوط به هر یک از کلاسهایGST جو با برنامهMEME تعیینشدند. همردیف سازی توالیها با نرم افزار ClustalW و ترسیم درخت فیلوژنی نیز با نرم افزار MEGA4 انجام شد. براساس توالیهای پروتئینی و بررسیهایفیلوژنتیکی ،43 عضو در کلاس Tau، 19عضو در کلاس Phi، پنج عضو در کلاس Zeta، دو عض و در هری ک از کلا سها ی EF1G ، DHAR و Lambda و یک عضو در هر یک از کلاسهای TCHQD و Theta قرار گرفتند. تعیین اعضای مختلف خانواده GST گیاه جو برای اولین بار در این تحقیق انجام شدهاست.

Keywords:

گلوتاتیون S-ترانسفراز , جو , دمین شاخص پروتئین GST , بررسیهای فیلوژنتیکی