بررسی بیوانفورماتیکی ژن nif در ازتوباکتر با استفاده از روش PCR-RFLP

عامل تثبیت نیتروژن در دی آزوتروف ها ژن های nif می باشند. درمجموعه ژنی nif هم ژن های تنظیم کننده و هم ژن های ساختمانیوجود دارند که سنتز آنزیم نیتروژناز، سنتز زیر واحد های مختلف پروتئینآهن- مولیبدن، کوفاکتور آهن- مولیبدن و پروتئین آهن- فردوکسینرا بر عهده دارند. با وجود داشتن چنین نقش های ساختمانی مهمی،بررسی های اندکی به منظور شناسایی این ژن صورت گرفته است.هدف از این مطالعه، تع یین ژن های nif شناسایی شده در گونه هایازتوباکتر و بررسی تنوع ژنت کیی در میان آنها می باشد. در این تحقیق،پس از جمع آوری توالیهای مربوط به ژن nif موجود در پایگاه اطلاعاتیNCBI ، در قالب داده های خام و انتقال آن به نرم افزار ClustalW2نواحی اتصال آغازگر مشخص گردید. به منظور تع یین الگوهای برشیو ارزیابی تعداد و اندازه قطعات حاصل از هضم، توالی منطقه قابل تکثیرهر ژن توسط جفت آغازگر مربوطه، توسط برنامه OLIGO مورد هضمآنزیمی آنزیمهای RsaI, AluI, TaqI, FnuDII, HhaI قرار گرفت. پساز تأثیر آنزیم های برشی، قطعات مربوط به هر آنزیم، شناسایی و برمبنای وجود یا عدم وجود قطعات مشابه برش خورده به صورت 1 و 0امتیاز دهی شدند. سپس این اطلاعات به جهت ترسیم درخت فیلوژنیتوسط نرم افزار NTSYSpc مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بهدست آمدهتنوع ژنت کیی را در میان 20 سویه باکتریایی مورد بررسی نشان داد که بااستفاده از آنزیمهای منتخب، تنها 4 سویه از این مجموعه، از کیدیگر قابلتف کیک نمیباشند. لذا تف کیک کامل سویههای گون ههای مورد آزمایشنیازمند استفاده از آنزیمهای برشی بیشتر یا انتخاب آنزیمهایی با دامنهیوسیعتر در ایجاد پلی مورفیسم بر روی ژن nif است.

Keywords:

ازتوباکتر , تنوع ژنتیکی , درخت فیلوژنتیک ژن nif , PCR-RLFP