جداسازی و شناسایی ژن nlpدر سویهStreptomyces sp. UTMC2101

پروتئین های شبه (NLPs) Nepگروه جدیدی از فیتوتوکسین های فعال علیه علف های هرز دولپه ای هستند و حضور ژن های مولدNLPsدر گونه های مختلفی از میکروارگانیسم ها از جمله سویه های متعلق به جنسStreptomycesگزارش شده است. هدف از انجام این پژوهش به دست آوردن ژن های جدید از اکتینوباکترها بوده است. در اولین مرحله از این پژوهشDNAژنومی سویه Streptomyces p. UTMC 2101استخراج شده و برای واکنشPCR با پرایمرهای دژنره قادر به تکثیر قطعه میانی ژنnlpاستفاده شد. این پرایمرها با همترازی نواحی حفاظت شده ژن های nlpشناخته شده در اکتینومیست ها طراحی شدند. با بررسی توالی محصولPCR کلون شده در وکتورpUC19 تکثیرقطعه 378 نوکلئوتیدی تایید شد. سپسDNAژنومی با کیفیت بالا با آنزیم EcoRI هضم شده و توسط آنزیم T4 DNA ligaseحلقوی شد. محصول واکنش اتصال برایInverse PCRبه منظور سنتز نواحی بالادست و پایین دست قطعه ژنی به دست آمده استفاده شد. با آنالیزهای توالی بدست آمده، توالی کامل ژن nlpبا 828 نوکلئوتید با 69 % بازهایGCهمراه با کدون آغاز شناسایی شد. با بررسی توالی آمینواسیدی حاصل از این ژن، پروتئینی با 275 آمینواسید و وزن مولکولیKD29,858 پیشبینی شد. همچنین مشخص شد که دمینNPP1 در این سویه متعلق به تیپII میباشد.

Keywords:

ژنnlp , فیتوتوکسین , PCRمعکوس , Streptomyces sp