آنالیزهای فیلوژنتیکی جهت مقایسه پروتئینهایCI و CPویروس موزاییک کوتولگی ذرت به عنوان نماینده کل ژنوم

یکی از مهمترین بیماریهای ویروسی ذرت، ویروس موزاییک کوتولگی ذرت MDMV است که در جنس پوتی ویروس قرار دارد وژنوم آن دارای تنها یک چارچوب ژنی میباشد و یک پلیپروتئین بزرگ را کد میکند که به 10 پروتئین کوچکتر تقسیم میشود. پروتئین اندامک سیتوپلاسمی فرفره مانندCIاصلیترین جزء پروتئینی اندامکهای استوانهای در سیتوپلاسم سلولهای آلوده است. ژنوم پوتی ویروسها با حدود 2000 مولکول زیر واحد پروتئین پوششیCPاحاطه شده است. تحقیق حاضر به منظور مقایسه این دو پروتئین درآنالیزهای فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک انجام گردید. بدین منظور گیاهان ذرت آلوده به ویروس با آزمون الایزای غیر مستقیم شناسایی وRNAویروسی استخراج گردید. جهت تکثیر ناحیهی شامل پروتئینهایCI,CP از آغازگرهای اختصاصی براینواحی استفاده و سپس همسانه سازی صورت گرفت و ترادفهای استنتاجی با استفاده از نرم افزارDNAMANبدست آمد، سپس درصد شباهت بین جدایههایMDMVموجود در بانک ژن بر اساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینواسیدی هر دو پروتئین بطور جداگانه توسط برنامهClustal Xهمردیف و با استفاده از نرم افزارMegAlignمورد مقایسه قرار گرفت .نتایج حاصل از این مقایسه نشان داد که در هر دو بررسی جدایه ایران بیشترین شیاهت را با جدایهای از کشور بلغارستان دارد و درصد شباهت مقایسه شده در پروتئینCPهمبستگی بالایی با مقدار شباهت بدست آمده از پروتئینCI دارد، اگرچه آدامز و همکاران پیشنهاد کردند کهCIبهترین نماینده کل ژنوم در آنالیزهای فیلوژنتیکی و مطالعه تاکسونومی و تکامل در پوتیویروسها است اماCPشناخته شدهترین پروتئین در پوتی ویروسهاست بسیاری از آنها بر اساس ترادفCPگروه بندی میشوند، در این بررسی هیچ اختلاف معنی داری میان همبستگی مقدار شباهت (r= CI (r= 0.973) CP 0.827 با ) در آزمونt-testمشاهده نشد، بنابراین میتوان از هریک از این دو پروتئین به عنوان نماینده کل ژنوم استفاده نمود

Keywords:

ویروس موزاییک کوتولگی ذرت , CI , CP , آنالیز فیلوژنتیک , بیوانفورماتیک