بررسی جزایرCpGدر ژن ویمنتین

ویمنتین یکی از پروتین های خانواده فیلامنت های حد واسط است که بطور طبیعی در سلولهای مزانشیمی بیان میشود و نقش اثبات شده ای در فرایند تبدیل سلولهای اپیتلیالی به مزانشیمEMTدارد. افزایش بیان ویمنتین در چندین سرطان نوع اپیتیالی گزارش شده است افزایش بیان ویمنتین در سرطان با افزایش رشد تومور، تهاجم و پیش آگهی بد مرتبط است. متیلاسیون ویمنتین میتواند بعنوان ابزاری برای غربالگری و تشخیص در انواع سرطان بکار رود. مطالعات اخیر نشان داده اند که متیلاسیون ژن ویمنتین در پیش آگهی ضعیف چند نوع سرطان نقش دارد، ولی تاکنون مطالعه متیلاسیون در تمامی طول ژن ویمنتین انجام نشده است و این مطالعات بیشتر بر اگزون اول و نواحیاطراف آن متمرکز میباشد. در این مطالعه امکان متیلاسیون هر یک از باز های ژن ویمنتین محاسبه شده است. توالی ژن ویمنتین از پایگاهداده ایGenBankاستخراج شده و از طریق برنامهSequence Manipulation Suiteتک تک بازها از جهت امکان متیله شدن بررسی شد. در ادامه به کمک نرم افزارCpG Island Searcherنواحی دقیق جزایرCpGپیشگویی شد. نتایج این مطالعه نشان داد که این ژن حاوی چهار جزیرهCpGبوده و جایگاه دقیق بازهای مربوطه تعیین شد. از آنجا که جزایر CpGدارای ارتباط مستقیمی با افزایش خطر بدخیمی میباشند، استفاده از نتایج این مطالعه در طراحی آزمایشهای بهتر برای تعیین تغییر متیلاسیون ژن ویمنتین بعنوان یک نشانگر زیستی در تشخیص زودهنگام انواع سرطان جالب توجه خواهد بود

Keywords:

ویمنتین , متیلاسیون , جزایر EMT , CpG