بررسی کارایی نتایج مونتاژ دو نرم افزارTrinity و SOAPde novoدر آنالیز ترانسکریپتوم کلاله زعفران(Crocus sativus L.)
Publish place: 12th Congress of Iranian Genetics Society
Publish Year: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 742
This Paper With 6 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
CIGS13_0805
تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393
Abstract:
توالییابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در دادههای ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پاییندست ضروری میباشد برای بررسی کاراترین نرمافزار برای مونتاژ ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی، در این مطالعه از دو نرمافزار پرکاربرد به نامهایTrinity و ،SOAPdenovoدر توالییابی کلاله زعفران استفاده شد. نرمافزارSOAPdenovoاز سال 2010 به طور گسترده در مطالعات مختلف استفاده شده است، در حالیکه نرم افزارTrinityدر سال 2011 معرفی شد و اخیراً بیشتر مورد استفاده قرار گرفته است. نتایج مونتاژ نشان داد که تعداد یونیژنهای بهدست آمده درTrinityبیشتر از SOAP denovoمیباشد در حالیکه میانگین طول توالیهای مونتاژ شده توسطSOAPdenovoبیشتر است. یونی ژنهای مونتاژ شده درTrinityفاقد فاصله و میانگین آن حدود دو برابر یونیژنهای مونتاژ شده بهوسیلهSOAPdenovoمیباشد. نتایج همردیفی یونیژنهای بهدستآمده از دو مونتاژگر نشان داد که درصد بالاتری از دادههایTrinityدارای تفسیر در پایگاههای اطلاعاتی هستند. نتیجهگیری کلی به نظر میرسد کهTrinityنرمافزار مناسبتری برای توالییابی ترانسکریپتوم زعفران میباشد.
Keywords:
Authors
پروانه محمودی
دانشجوی دکتری دانشگاه تربیت مدرس پژوهشکده بیوتکنولوژی ایران
احمد معینی
پژوهشکده بیوتکنولوژی ایران
مجتبی خیام نکویی
پژوهشکده رویان
محسن مردی
پژوهشکده رویان