بررسی بیوانفورماتیکی الگوی بیان ژنهای دفنزین و پراکسیداز درگندم آلوده به بیماریهای قارچی

گندم نانTriticum aestivum یکی از مهمترین گیاهان زراعی در جهان میباشد که در معرض پاتوژنهای زیادی قرار میگیرد. بر اساس آمارمنتشر شده، بیماریهای گیاهی منجر به کاهش 35 درصد از تولیدات گندم میشود. دفاع گیاه در برابر پاتوژن در نتیجه خصوصیات دفاعی ساختاری وبیان ژنهای درگیر در مقاومت میباشد. ترکیباتی در گیاه وجود دارد که مقاومت عمومی به گیاه میدهند از جمله این ترکیبات دفنزینها و پراکسیدازهامیباشد. دفنزینهای گیاهی یک خانواده کوچک از پپتیدهای دفاعی میباشند که معمولاً شامل یک پپتید نشانه در انتهای آمینی و یک زنجیره پپتیدی اصلی هستند و همچنین پپتیدهای غنی از سیستئین میباشند. پراکسیدازهای گیاهی گلیکوپروتئینهایی میباشند که در پروسه ساخت دیواره سلولی نقش دارند. با بررسی دادههای ریزآرایهmicroarray که یکی از روشهای استاندارد برای مطالعه بیان ژن در مقیاس وسیع میباشد، مشخص شده که این ژنها در برابر تنشهای زیستی و غیر زیستی افزایش و یا نیز کاهش بیان دارند. در این تحقیق به منظور بررسی و مشخص کردن میزان بروز و تأثیر این ژن ها در مقاومت گندم نان نسبت به بیماریهای مختلف، سه کتابخانه مختلف از دادههای میکرواری با ایزولاینهای مقاوم و حساس گندم از سایتNCBIگرفته و بررسی شد. دادههای حاصل با استفاده از نرمافزارFlexarrayآنالیزو نمودار الگوی بیانی ژن دفنزین و پراکسیداز رسم شد. در این تحقیق مشخص شد ژن دفنزین در ساعتهای ابتدایی آلودگی افزایش چندانی ندارد و بعبارتی دیگر این ژن تظاهر دیرهنگام دارد و ژن پراکسیداز در ساعتهای ابتدایی آلودگی افزایش مییابد و این ژن تظاهر زودهنگام دارد

Keywords:

دفنزین , پراکسیداز , ریزآرایه , Puccinia striiformis , Fusarium graminearum