پیشبینی بیوانفورماتیکی ویژگی های ساختارهای دوم و سوم پروتئین بیوفیلم Acinetobacter baumannii

ءAcinetobacter baumannii یک پاتوژن فرصت طلب مهم است که بهعنوان عامل تعداد زیادی از عفونت های بیمارستانی شناخته می شود. تمایل گونه های بیمارستانی به تولید بیوفیلم و ارتباط بیوفیلم با عفونتزایی و مقاومت این باکتری به طیف وسیعی از آنتی بیوتیک ها، به خوبی شناخته شده است. مطالعه ی حاضر، به منظور بررسی ساخختار و عملکرد یک پروتئین سطحی دخیل در تولید بیوفیلم، با استفاده از ابزار بیوانفورماتیک، طراحی شده است. بیوفیلم پروتئین (Bap) A. baumannii دارای یک هسته ی متشکل از تکرارهای متوالی از هفت الگوی مختلف است. توالی های مرتبط، از بانک های اطلاعاتی موجود استخراج شده و با توالی Bap هم ردیف شدند. فایل های هم ردیفی برای ساخت درخت های فیلوژنتیک به کار گرفته شدند. بسیاری از مشخصات این پروتئین با نرم افزارهای مختلف مورد بررسی قرار گرفت. حفظ شده ترین قسمت ها و نیز دومین های هومولوگ با بالاترین امتیاز در همین هسته ی تکراری خصوصاً C ، B ، A و D یافت می شوند در این مطالعه محل قرار گیری پروتئین در خارج سلول و وجود سیگنال هدف سیستم ترشحی نوع اول در انتهای کربوکسیل پروتئین پیش بینی شد. همچنین ساختارهای دوم و سوم پروتئین پیش بینی شد و با استناد به همولوژی نواحی مختلف پروتئین با دومین های شناخته شده ویژگی های خاصی برای این نواحی پیش بینی شد.

Keywords:

بیوفیلم پروتئین , بیوانفورماتیک , آنتی ژنسیته , Acinetobacter baumannii