بررسی تنوع ژنتیکی آگروباکتریوم های بومی ایران با استفاده از BOX-PCR

آگروباکتریوم (ریزوبیوم) از باکتریهای خاکزاد می باشد که بیشتر خانواده های گیاهی دو لپه را آلوده کرده و در برخی از آنها مثل درختان میوه، انگور و برخی از گیاهان زینتی و صیفی و سبزیها بیمار ی سرطان طوقه ایجاد می کند. استرینهای بیماریزای این باکتری حامل پلازمیدTi و Ri هستند. امروزه روشهای مبتنی بر PCR دانش جدیدی را برای شناسایی، مطالعه تنوع و بررسی دینامیک جمعیت و اکولوژی پاتوژنهای باکتریایی ایجاد کرده اند و دریچه ها ی نوینی را برای مطالعه اساسی و کاربردی در بیماری شناسی گیاهی گشوده اند. بررسی تنوع ژنتیکی همراه با بررسی دامنه میزبانی می تواند راه گشای معرفی موثرترین روش شناسایی و مبارزه با ای ن بیمار ی مهم در کشور باشد . در راستای ارزیابی تنوع جدایه ها نمونه برداری از مناطق مختلف از میزبانهای متفاوت صورت گرفته و جهت جداسازی جدایه ها از محیط کشت کربنات کلسیم + PDA استفاده شد. استخراج DNA جدایه ها بر اساس روش C-TAB با کمی تغییرات صورت گرفت. با توجه به اینکه عناصر BOX از توالی های حفاظت شده تکراری، در ژنوم گونه های مختلف باکتریایی است و این عناصرنقش مهمی در سازماندهی ژنوم باکتریایی ایفا م ی کنند، بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های اگروباکتریوم بومی از طریق BOX-PCR و می تواند روش مفیدی باشد. محصول PCR در ژل آگاروز الکترفورز شده و باندهای بدست آمده پس از امتیاز دهی با استفاده از نرم افزار NTSYS آنال یز شده و ارزیابی و کلاستر بندی با ترسیم دندروگرام صورت گرفت. با مقایسه جدایه ها با سویه های استاندارد، درصد تشابه جدایه ها بر اساس ضریب تشابه جاکارد 2 محاسبه شد. جدایه های بدست آمده به 8 گروه و چندین زیر گروه تقسیم بندی شدند. بر اساس نتایج به دست آمده جدایه های آگروباکتریوم(ریزوبیوم) گالزا دارای تنوع قابل توجهی در مناطق شمالی ایران هستند.

Keywords:

آگروباکتریوم , تنوع ژنتیکی , BOX , PCR