بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط نرمال و تنش خشکی با استفاده از داده های EST و cDNA گیاه برنج
Publish place: 8th national biotechnology congress of I.R. Iran & 4th National Conference on biosecurity
Publish Year: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 566
This Paper With 5 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
NBCI08_1069
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394
Abstract:
برنج یکی از مهم ترین غلاتی است که در شرایط متنوع اکولوژیکی کاشته می شود. با توجه به قرار گرفتن کشور ایران روی کمربند مناطق خشک و نیمه خشک جهان، تولید برنج تحت تاثیر تنش های محیطی به ویژه تنش خشکی حائزاهمیت می باشد. با شناسایی ژن های دخیل در تنش خشکی از طریق اصلاح ژنتیکی می توان تولید محصول را افزایش داد. مطالعات ژنومی و مولکولی از جمله تجزیه و تحلیل منابع EST نشان داده که ژن های زیادی با عملکردهای متفاوت بوسیله تنش خشکی القا می شوند. برای شناسایی این ژن ها، توالی های EST مربوط به بافت برگ گیاه برنج در شرایط تقریبا مشابه در دوحالت نرمال و تنش خشکی از پایگاه داده NCBI جمع آوری گردید. سپس با استفاده از نرم افزار EGassembler از میان 57334 توالی مربوط به دو کتابخانه EST برگ برنج و توالی های cDNA این گیاه، 7521 کانتیگ و 32241 سینگلتون ویرایش، دسته بندی و گردآوری شدند. از میان کانتیگ های مذکور، الگوریتم پیاده سازی شده توسط نرم افزار MATLAB، ا1254 کانتیگ درحالت نرمال و 1275 کانتیگ در حالت تنش خشکی را نشان داد، که از مجموع توالی های کانتیگ و سینگلتون ارایه شده به نرم افزار DEG6، ا73 ژن در سطح 5% بیان متفاوت داشتند.
Keywords:
Authors
منظر حیدری
بخش بیوانفورماتیک، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرج، ایران
زهرا سادات شبر
بخش فیزیولوژی مولکولی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :