بررسی ژنومیکس کارکردی گندم چینی بهاره تحت تنش شوری با استفاده از آنالیز EST

تنش شوری، یکی از مهم ترین تنشهای محیطی غیر زنده، نقش مؤثری در کاهش تولید محصولات زراعی در جهان دارد. بررسی کارکرد ژنهای پاسخ دهنده به تنش شوری به درک مکانیسم های کلیدی تحمل به تنش شوری کمک می کند. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالی های EST کتابخانه های شاهد و تنش شوری گندم چینی بهاره، جهت گیری کارکردی ژنوم در تنش شوری تعیین و ژن های کلیدی و مهم درگیر در پاسخ به شوری شناسایی شوند. توالی های EST از سایت هاروارد جمع آوری شدند. به منظور دسته بندی توالی های EST ،تعیین پروتئین های مرتبط با توالی های مربوط به کانتیگها و سینگلتونها، تعیین گروه های کارکردی و آزمونهای آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler ،بلاست سایت NCBI، سایت موسسه ماکس پلانک و نرم افزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنی دار در هفت گروه کارکردی بین شرایط شاهد و تنش شوری بود. در شرایط تنش فعالیت گروه های کارکردی RNA، misc( خانواده های آنزیمی متفاوت )، cell و not assigned (پروتئینهای ناشناخته و فرضی) افزایش و فعالیت گروه های کارکردی development (نمو)، tetrapyrrole synthesis (سنتز تتراپیرول) ، protein کاهش یافت. بنابراین می توان پیشنهاد کرد که این گروه های کارکردی دارای نقش مهمی در پاسخ به شوری هستند. بررسی بیان ژنها در شرایط شاهد و تنش شوری نشان داد ۵ ژن دارای بیان افتراقی معنی دار بودند. ژن های شناسایی شده در این پژوهش می توانند نامزدهای مناسبی برای بررسی بیشتر جهت اصلاح گیاهان نسبت به شوری باشند.

Keywords:

بیان ژن , تجزیه و تحلیل EST , تنش شوری , گندم