محمد صاحب هنر - دانشجوی دکتری پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
محمد مرادی شهربابک - استادپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
سیدرضا میرایی آشتیانی - استادپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران
عباس پاکدل - دانشیارپردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، ایران

در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تاثیر رابطه خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیهسازیشده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیتهای آزمون حاوی 500 فرد بود.ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشه اول تراشهای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافه QTLهای موثر بر صفات بود. تراشه دوم، تراشهای با تراکم متوسطحاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیتهای آزمون بر مبنای تراشهای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرددومرحلهای، ژنوتیپ تراشه تراکم پایین بهطور مستقیم از تراشه متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سهمرحلهای، ابتدا ژنوتیپ تراشه تراکم پایین از تراشه تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپتراشه متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشنتحت تاثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشه SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیتهای آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.

ایمپیوتیشن ژنوتیپی، تراشه متراکم، شبیهسازی، فراوانی آلل نادر