بررسی تنوع ساختاری ژنگان سگ و گرگ بومی ایران با روش توالی یابی کل ژنوم

در این پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلاده گرگ بومی ایران نمونهگیری شد. توالییابی کل ژنگان )ژنوم( برای هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالی یابی نسل جدید انجام شد. دادهها توسط برنامه BWA با ژنگان مرجع )رفرنس( همردیف شدند. چندریختی های تکنوکلیوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامه GATK شناسایی شدند . تغییرپذیری)واریانت(های ساختاری با برنامه BreakDancer-1.1 تعیین شدند. مستندسازی چندریختیهای تکنوکلیوتیدی و حذف و اضافههای کوچک ژنگان با برنامه SnpEff انجام شد. مقادیر تنوع نوکلیوتیدی در نمونههای سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شدند. در این پژوهش 12113611چندریختی تک نوکلیوتیدی به دست آمد که 1213123 و 19111331 به ترتیب مربوط به نمونه های سگ و گرگ بودند.از شمار کل چندریختیهای تک نوکلیوتیدی 31 و /323 ،13/ 119/211 درصد به ترتیب در ناحیه بین ژنی، اینترون و اگزون قرار گرفتند. نتایج تجزیه وتحلیل داده ها نشان داد که تنوع ساختاری در ژنگان گرگ بیشتر از سگ است.

Keywords:

تغییرپذیری ساختاری , حذف و اضافه کوچک , چندریختی تک نوکلیوتیدی