مطالعات بیوانفورماتیکی جهت ایجاد مقاومت چندگانه به جدایه های ایرانی پوتی ویروس های مهم کدوییان با استفاده از مکانیسم خاموشی آر ان آ

کدوییان گروهی از مهمترین محصولات کشاورزی کشت شده در ایران می باشند. دو گونه ویروس موزاییک هندوانه (Watermelon mosaic virus-2, WMV-2) و ویروس موزاییک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV) متعلق به جنس Potyvirus می باشند که خسارت زیادی را به کدوییان ایجاد می کنند. در این پژوهش امکان طراحی نرم افزاری یک سازه با کارایی مناسب جهت ایجاد مقاومت به این دو ویروس بررسی شد. طراحی ساختار آر ان ای سنجاق سری به منظور ایجاد یک لاین مقاومی از کدوییان که بتواند در برابر هر دو ویروس از مقاومت قابل توجهی در آلودگی های منفرد و یا دوتایی بصورت هم زمان برخوردار باشد انجام گرفت. بدین منظور توالی های نوکلیوتیدی ثبت شده از ژن CP جدایه های ایرانی و همچنین ژن HC-Pro از سایر جدایه های این دو ویروس از بانک ژنی NCBI برای طراحی سازه استفاده شد. بدین منظور توالی های دریافتی با استفاده از برنامه MEGA5 هم ردیف سازی شد و مناطق حفاظت شده شناسایی شدند. 150 نوکلیوتید از مناطق حفاظت شده هر یک از ژنهای CP (از نوکلیوتید شماره 567 تا 717 برای WMV و شماره 466 تا 616 برای ZYMV) و HC-Pro (از نوکلیوتید شماره 1117 تا 1267 برای WMV و شماره 1046 تا 1196برای ZYMV) از دو ویروس به صورت مستقل انتخاب و پس از قرارگیری در کنار یکدیگر یک توالی 600 نوکلیوتیدی به دست آمد. جهت بررسی عدم امکان خاموشی آر ان ای های میزبان، توالی ترکیبی با استفاده از اطلاعات سایت siRNA Scan مورد بررسی قرار گرفت. سپس پیش بینی امکان همسانه سازی آن در یک ناقل دوگانه مناسب با استفاده برنامه Vector NTI version 8.0 انجام شد. درنهایت امکان بیان ساختار آر ان ای سنجاق سری با استفاده از برنامه RNA structure و سایت RNAfold مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج مطالعات بیوانفورماتیکی این پژوهش پیش بینی کرد که قابلیت بیان آر ان ای سنجاق-سری پس از همسانه سازی در حامل مناسب و انتقال به کدوییان در شرایط آزمایشگاهی وجود دارد.

Keywords:

کدوییان , پوتی ویروس , آر ان ای سنجاق سری , مقاومت