مقایسه زبان های برنامه نویسی مورد استفاده در بیوانفورماتیک: Python در مقابل R

امروزه با توجه به پیشرفت های صورت گرفته در توالی یابی پروتیین ها و ژنها و تولید حجم عظیمی از داده ها، به ابزارهای سریعتری برای تحلیل این اطلاعات نیاز می باشد. زبان های برنامه نویسی Python و R در میان پژوهشگران از محبوبیت بسیاری برخوردار هستند و به سبب متن باز (Open Source) بودن و تعداد بسیار زیاد پکیج هایشان بسیاری از نیاز های پژوهشگران را برطرف می کنند. هدف از پژوهش حاضر بررسی عملکرد زبان برنامه نویسی Python در مقابل R، در دریافت، پردازش، بررسی و تفکیک تعداد نوکلیوتیدهای توالی ژن BRCA1 می باشد. در ابتدا توالیBRCA1 از سایت ncbi دریافت گردید. برای نوشتن کدهای Python از نرم افزار Eclipse و پلاگین pydev و نرم افزار R و محیط R studio نیز برای نوشتن کد های R استفاده گردید. برای اجرای این پژوهش رایانه ای با رم 8 گیگابایت، سی پی یو core i7 4200 اینتل و ویندوز 10 مورد استفاده قرار گرفت. نتایج نشان داد هر دو زبان توانایی دریافت، پردازش، بررسی و تفکیک نوکلیوتیدهای ژن BRCA1 را دارا می باشند. برای بررسی موارد هدف، R نسبت به Python نیاز به کد نویسی کمتری داشت. در هر دو زبان پردازش و محاسبه ی تعداد نوکلیوتیدها به درستی صورت پذیرفت. زبان Python نسبت به R در تکرار های متفاوت دارای پردازش سریعتری بود.نتایج این پژوهش نشان داد که هر دو زبان می توانند ابزارهای توانمندی برای پژوهشگران بیوانفورماتیک باشند و با دارا بودن سرعت و عملکرد بالا اطلاعات دریافت شده را پردازش نمایند.

Keywords:

ابیوانفورماتیک , برنامه نویسی , نوکلیوتید , Python , R , BRCA1