ارایه یک چارچوب جدید مبتنی بر آنتولوژی ژن در روش خوشه بندی همپوشان برای داده های بیان ژنی

یکی از محدودیتهای روشهای سنتی برای خوشهبندی دادههای بیان ژن، یافتن خوشههای مجزا است که هدف نهایی اغلب این الگوریتمها میباشد. در حالیکه خوشههای همپوشان با دقت بالا در درک تعاملات صحیح مابین ژنها و یافتن شبکههای ژنی قابل اطمینان نقش مهم و بسزایی دارند، در این مقاله الگوریتم OverDBC ، که یک روش خوشهبندی مبتنی بر چگالی جدید برای مدلسازیخوشههای همپوشان است، با مفهوم آنتولوژی ژن توسعه داده می شود. این الگوریتم لیستهایی از ژنهای مشابه را با درنظرگرفتن سطوح بیان آنها ایجاد میکند که این امر ممکن است لزوما دانش قبلی را منعکس نکند. بنابراین نیاز به تمرکز بر روی روشهایی استکه اطلاعات تشابه بدست آمده از آنتولوژی ژن را برای پشتیبانی تحلیل بیان ژن مبتنی برخوشهبندی، تجمیع کند. با ترکیب دانش آنتولوژی ژن و دادههای همبستگی بیان ژن برای این روش خوشهبندی، می توان ناسازگاریها را به حداقل رساند و نزدیکترین نقاطرا در یک خوشه قرار داد. نتایج ارزیابی خوشه ها و همچنین شبکه های ژنی استخراج شده نشان می دهد که ترکیب اطلاعات آنتولوژی ژن با پارامتر فاصله ساختاری، منجر به بهبود نتایج خوشههای همپوشان میشود.

Keywords:

خوشه های همپوشان , داده های بیان ژن , شبکههای ژنی , آنتولوژی ژن