ارزیابی مقایس های ویژگی های ساختاری و قابلیت های عملکردی شبه آنزیم های CotA سویه های باکتریایی

صنعتی شدن جوامع بشری که منجربه تغییر در رژیم غذایی، اقلیم و آب و هوا شده است، از جمله چالش های اساسی در بروز بیماریهایمختلف از جمله سرطانها میباشد. بنابراین، اصلاح رژیم غذایی و یا توسعه روشهایی در جهت حذف این نوع از آلاینده ها، نظیرهیدروکربن های آروماتیک، می تواند راهکاری امیدبخش در جهت پیشگیری از این نوع از بیماری ها باشد. لذا در این تحقیق ارزیابی ویژگی هایساختاری و قابلیت زیست تخریب پذیری آنزیم های لاکاز باکتریایی با هدف توسعه پریبیوتیک ها و پروبیوتیک های پیشگیری کننده از سرطان مبتنی بر آزمون های مولکولی در محیط شبه واقعی در دستور کار قرار گرفته است. به این منظور توالی پروتیینی آنزیم CotA با شماره دستیابی P07788 از بانک اطلاعاتی NCBI استحصال و ویژگی های فیزیکوشیمیایی آن تعیین شد. توالی های پروتیینی همگون با این آنزیم با استفاده از ماتریکس های PAM250 و BLOSUM62 انجام و تعیین قرابت فیلوژنیک آنها با نسخه 6 برنامه MAGE صورت پذیرفت. مدل سازی ساختاری آنزیم CotAو شبه آنزیم ها با برنامه مدلر انجام و پس از تعیین کیفیت و جایگاه فعال و ارزیابی مقاومت دمایی MAGE صورت پذیرفت. مدلسازی ساختاری آنزیم CotA و شبه آنزیم ها با برنامه مدلر انجام و پس از تعیین کیفیت و جایگاه فعال و ارزیابی مقاومت دماییبا آزمون شبیه سازی داینامیک مولکولی با برنامه گرومکس، میل اتصالی آنها با هیدروکربنهای آروماتیک با آزمون داکینگ مولکولی صورتپذیرفت. نتایج حاصل از این تحقیق منجربه آشکارسازی شبه آنزیم های CotA در سویه هایی از جنس باکتریایی سودوموناس و باسیلوس با کیفیت مطلوب ساختاری شدند. با این وجود، میل اتصالی و پایداری دمایی متفاوت آنزیم های مورد بررسی آشکار و مطلوبترین آنها با توجهبه نیاز صنایع به مقاومت دمایی آنزیم جهت سنتز و آزمایش های بعدی در نظر گرفته شد.

Keywords:

سرطان , هیدروکربنهای آروماتیک , رژیم غذایی , لاکاز , پریبیوتیک , پروبیوتیک