بررسی بیوانفورماتیکی پروتیین های همولوگ PvdQ در باکتریهای محرک رشد

اغلب باکتریهای گرم منفی بیماریزای گیاهی مولکولهای علامت دهنده ی حس حدنصاب قابل انتشار با نام اسیل هموسرین لاکتون (AHL) تولید می کنند که بیان ژنهای بیماریزا را کنترل می کنند. در مقابل برخی میکروارگانیسم های رقابت کننده می توانند AHL ها را تجزیه و یا غیرفعال کنند تجزیه آنزیمی AHL یکی از شناخته شده ترین مکانیسم های خاموش کننده حدنصاب است. دو آنزیم اصلی تجزیه کننده AHL, AHL لاکتوز (AiiA) و AHL آسیلاز (PvdQ) هستند. AHL آسیلاز پیوند آمیدی AHL ها را می شکند. تابحال گزارشی در مورد شناسایی پروتیین های همولوگ PvdQ در باکتری های محرک رشد (PGPB) وجود ندارد. بنابراین در این مطالعه توالی آمینواسیدی AJP52504.1) PvdQ) از باکتری Pseudomonas fluorescens به عنوان توالی جستجو مورد استفاده قرار گرفت و بررسی BLASTp بر علیه 83 جنس باکتریایی شناخته شده، بعنوان افزایش دهنده های رشد گیاهان، انجام شد. در این مطالعه نتایج با امتیاز بالاتر از 80 ، هم پوشانی بالای 50 و E-value کمتر از (4)10 معنی دار در نظر گزفته شد. از آنجاییکه نام جنس ها برگرفته از مطالعات قبلی شناسایی PGPB بر اساس توالی 16S RNA تا حد جنس بود، منبع جداسازی نتایج مثبت با استفاده از پایگاه داده ای BioSample مورد بررسی قرار گرفت.گونه های جدا سازی شده از خاک اطراف ریشه گیاهان بعنوان نتیجه مثبت در نظر گرفته شدند. نتایج نشان داد که 17 جنس دارای این آنزیم هستند و 7 جنس نیز دارای پروتیین های فرضی مشابه هستند. بنابراین با بررسی های بیشتر امکان استفادهاز آنها بعنوان عوامل کنترل زیستی وجود دارد.

Keywords:

اسیل هموسرین اسیلاز , باکتریهای افزایش دهنده رشد , عوامل کنترل زیستی