استفاده از الگوریتم ژنتیک و خوشه بندی K-means در پیش بینی ساختار سوم پروتیین

پروتیین زنجیره ای متشکل از 20 نوع آمینه اسید است که با یکدیگر پیوند پپتیدی تشکیل می دهند. این زنجیره در فضای سه بعدی به گونه ای تا می خورد که پایین ترین سطح انرژی را دارد. تعیین ساختار دقیق پروتیین با روش های آزمایشگاهی به سادگی و در زمانی محدود امکان پذیر نیست. دانستن ساختار سوم پروتیین بسیار مهم است چراکه مستقیما به عملکرد آن مرتبط می شود و رفتار سلولی و تمام فعالیت هایی که در سلول انجام می شود بر عهده پروتیین ها است. در حالی که روش های محاسباتی زیادی از قبیل الگوریتم بهینه سازی زنبوران، روش تکاملی مونت کارلو و الگوریتم ژنتیک برای حل این مسیله در فضاهای دوبعدی و سه بعدی ارایه شده است. در این مقاله مساله ی پیش بینی ساختار سوم پروتیین مورد بررسی قرار گرفته است که با استفاده از الگوریتم ژنتیک 1 و الگوریتم -Kmeans سعی در به حداقل رساندن انرژی کل تعاملات بین اسید آمینه ها صورت گرفته است

Keywords:

بیوانفورماتیک , پیش بینی ساختار سوم پروتیین , الگوریتم ژنتیک , مدل آب دوست آب -گریز , شبکه FCC سه بعدی , الگوریتم خوشه بندی K-means